seaborn 中 clustermap 的标签？

Question

我有几个关于 seaborn 中 clustermap 标签的问题。首先是可以提取层次聚类的距离值，并将值绘制在树结构可视化上（可能只有前三个级别）。

这是我创建集群图的示例代码：

import pandas as pd
import numpy as np
import seaborn as sns
get_ipython().magic(u'matplotlib inline')

m = np.random.rand(50, 50)
df = pd.DataFrame(m, columns=range(4123, 4173), index=range(4123, 4173))
sns.clustermap(df, metric="correlation")

另外两个问题是： - 如何旋转 y 标签，因为它们重叠在一起。
- 如何将颜色条移动到底部或右侧。（热图有一个 question，但不适用于我的情况。也没有解决颜色问题栏位)

Answer 1

我在旋转 y-axis 上的标签时遇到了完全相同的问题，并找到了解决方案。问题是，如果您按照您引用的问题中的建议执行 plt.yticks(rotation=0)，由于 ClusterGrid 的工作方式，它会旋转您的 colobar 上的标签。

要解决它并旋转正确的标签，您需要从底层 Heatmap 引用 Axes 并旋转这些：

cg = sns.clustermap(df, metric="correlation")
plt.setp(cg.ax_heatmap.yaxis.get_majorticklabels(), rotation=0)

对于您关于颜色条放置的其他问题，我认为目前不支持此功能，很遗憾，如 this Github issue 所示。

最后，对于层次聚类距离值，您可以访问行或列的链接矩阵：

cg = sns.clustermap(df, metric="correlation")
cg.dendrogram_col.linkage # linkage matrix for columns
cg.dendrogram_row.linkage # linkage matrix for rows

Answer 2

您可以通过改变轴的位置来移动颜色条 cax： cg.cax.set_position((.85,.1,.1,.1))，例如，其中(a,b,c,d)分别为轴的x起始位置，y起始位置，x宽度和y高度，以轴坐标表示。

Answer 3

import seaborn as sns   
g = sns.clustermap(heatmap_df, metric="correlation") 

plt.setp(g.ax_heatmap.get_yticklabels(), rotation=0)  # For y axis
plt.setp(g.ax_heatmap.get_xticklabels(), rotation=90) # For x axis

Answer 4

旋转标签的方式有点不同

g.ax_heatmap.set_yticklabels(g.ax_heatmap.get_yticklabels(), rotation=0)

seaborn 中 clustermap 的标签？

Labels for clustermap in seaborn?

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