当文件的列包含另一个文件给定范围之间的位置时，使用 Awk 和 Condition 捕获行

Question

我想确定每个基因的分数然而，为此我需要设置一个条件来识别得分（列 $3 得分列表），该得分位于基因列表的 $3 列和 $4 列的给定范围之间的一个位置

基因列表：

chr1    TAS1R1  6615000 6615100
chr1    TAS1R1  6615130 6615200
chr5    TCERG1  145858055   145858216

成绩单：

rs79923433 chr1 6615060 0.327009537545002 0.177578086220885
rs4908925 chr1 6615107 0.492182375024342 0.278821401692196
rs114220820 chr1 6615172 0.24581165286421 0.129806066087895
rs925345 chr5 145858100 1.22569136462918 0.744498627741366

我想要的：

chr1    TAS1R1  6615000 6615100 0.327009537545002
chr1    TAS1R1  6615130 6615200 0.24581165286421
chr5    TCERG1  145858055   145858216 1.22569136462918

Answer 1

使用 awk:

awk '
    NR == FNR {score[] = ; next}
    {
        for (key in score) 
            if ( <= key && key <= ) 
                print [=10=], score[key]
    }
' score.list gene.list

chr1    TAS1R1  6615000 6615100 0.327009537545002
chr1    TAS1R1  6615130 6615200 0.24581165286421
chr5    TCERG1  145858055   145858216 1.22569136462918

效率不是很高，因为您必须遍历每一行基因的所有分数，但它非常简单。

当文件的列包含另一个文件给定范围之间的位置时，使用 Awk 和 Condition 捕获行

Using Awk and Condition for catching lines when column of a file contains a position between a given range by another file

bash

awk

range

multiple-columns