当我在 Linux 服务器中使用 qsub 时如何导入 argparse？

Question

我想使用 CoNIFER，这是一个 python 生物信息学程序。

所以，因为我学院的规定，我为qsub写了一个脚本。

这是我的 qsub 脚本。我在 -- 前面插入了 enter 以显示清楚。

#!/bin/bash
#$ -N oh
#$ -cwd
cd /usr/etc/GRAPE_ENV/Python/
python /home/osj118/tools/conifer_v0.2.2/conifer.py rpkm
--probes/home/osj118/input/GBM/Gastric/Exome_probe/Exome_probe_capture_library_coordinate.txt
--input /scratch/Gastric_cell_bam/AGS_2.fastq.gz_Illumina_exome_Exome.RGadded.marked.realigned.fixed.recal.bam
--output /home/osj118/output/AGS_rpkm.txt
cd /home/osj118/pyscripts

CoNIFER 无法运行并显示错误消息

ImportError: No module named argparse

我已经使用了 sys.append.path 功能，但未能解决我的问题。

St运行gely，当我运行批处理作业时，CoNIFER 工作正常，没有任何错误消息。

由于批处理作业违反规则，我想使用qsub在Linux服务器上工作。

请给我任何解决方案。

Answer 1

这闻起来像 python路径问题。 python路径决定了python在哪里可以找到所需的模块。如果您将 CoNIFER 与其使用的包一起安装在一个目录中，那么 Python 将仅在 python 路径上找到这些包。

您可以指定python路径如下：

export PYTHONPATH=/安装CoNIFER的目录

Answer 2

最终还是没有解决报错问题

但是，当我在 CoNIFER 脚本中手动添加以下代码时，它起作用了。

import sys
sys.path.append(where your library located)

我不知道哪里出了问题。

但是，对于类似情况，这应该是一个临时且快速的解决方案。

当我在 Linux 服务器中使用 qsub 时如何导入 argparse？

How to import argparse when I am using qsub in Linux server?

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