如何制作我在此处发布的 PCA 图

Question

我，但未能根据s.class的绘图结果绘制x.lab和y.lab。

如何制作我在这里发布的情节？我想多问一下这个。

如何根据另一个整数变量使点变大或变小？
ggplot2能画出和s.class一样的圆吗？ The previous answers不显示如何画圆。

Answer 1

使用大小调整的点手杖大小。可以通过 stat_ellipsis

添加省略号

pca <- prcomp(iris[iris$Species %in% c("virginica","versicolor"),1:4], retx = TRUE,  scale = TRUE,tol=0.4)
predicted <-predict(pca,iris[,1:4])
ggplot(data.frame(predicted))+aes(x=PC1,y=PC2,color=iris$Species)+geom_point(aes(size=iris$Sepal.Length))+stat_ellipse()+stat_ellipse(level=0.8)

Answer 2

我在 pcoa function of my msap 包中所做的是仅对椭圆和质心使用 s.class：

添加空图，标签和限制取决于几个变量：

plot(0,0, main=paste(name,surname, sep=": "), type = "n",
  xlab=paste("C1 (",var1,"%)"),ylab=paste("C2 (",var2,"%)"), 
  xlim=c(minX-10^floor(log10(abs(minX))),maxX+10^floor(log10(abs(maxX)))), 
  ylim=c(minY-10^floor(log10(abs(minY))),maxY+10^floor(log10(abs(maxY)))),
 frame=TRUE, cex=1.5)

看看xlab。

用不同的 colors/simbols 绘制不同的 treatments/groups 的点。 在这里您可以使用 cex 参数设置点大小。
```
for(i in 1:ntt){
    points(spcoo[[i]], pch=21, col="black", bg=bgcolors[i])
}
```
最后使用ade4的c.class绘制椭圆、星形和组标签，但不绘制点(cpoint=0)
```
s.class(pcol$points, groups, cpoint=0, col=bgcolors, add.plot=TRUE)
```

在我的代码中，我得到了一个像这样的 PCOA 图：

如何制作我在此处发布的 PCA 图

how to make a PCA plots as I posted here

plot

r

ggplot2

ape-phylo