knitr markdown 从项目文件夹中删除图像文件

Question

我有这个基本的 R markdown 文件：

---
title: 'test'
output:
  html_document
---

![myimage](test.png)

可以在项目文件夹中找到文件test.png。如果我第一次编译文档一切都很好：

  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code


/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS /Users/nf/test/test_file.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test_file.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/x0/87l48swx73lg569_81cctqt00000gp/T//RtmpYYJgwp/rmarkdown-stree426f43954e.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight 


processing file: test_file.Rmd
output file: /Users/nf/test/test_file.knit.md


Output created: test_file.html

但是如果我第二次编译它（不改变任何东西）我得到这个错误：

  |.................................................................| 100%
  ordinary text without R code




processing file: test_file.Rmd
output file: /Users/nf/test/test_file.knit.md

/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS /Users/nf/test/test_file.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output test_file.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/default.html --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /var/folders/x0/87l48swx73lg569_81cctqt00000gp/T//RtmprFBDzb/rmarkdown-streef56b8e7e99.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rmarkdown/rmd/h/highlight 
pandoc: Could not fetch test.png
test.png: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)
Error: pandoc document conversion failed with error 67
Execution halted

如果我查看我的项目文件夹，图像 test.png 不见了。在文档的第一次编译过程中，图像被删除了。我每次都可以重现它。然后当然是第二次编译时缺少它。我在 R 块中加载的 .RData 文件也会发生这种情况。我什至试图将文件保存在一个单独的文件夹中，每次在我的项目文件夹中复制它们我编译我的文档（使用命令 file.copy()）。但是随后外部文件夹中的文件也会消失。似乎降价文档中提到的每个文件都被删除或移动到其他地方。

我发现只有当 markdown 文件的名称包含像 test file.Rmd 这样的空格时才会发生这种情况。 Html 从该文件生成的页面被格式化为 test_file.html 所以我猜想发生了一些转换为不带空格的文件名。

我认为这是一个错误，我应该在一些错误跟踪器上报告，但由于我不知道这是关于 rmarkdown、knitr、pandoc、RStudio 还是其他东西，我 post 在这里。

我的会话信息：

R version 3.2.2 (2015-08-14)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.2 (El Capitan)

locale:
[1] de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8/C/de_DE.UTF-8/de_DE.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] knitr_1.11

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.2

Answer 1

更新到 rmarkdown_0.9.2 根据这个问题修复了问题：https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/580

knitr markdown 从项目文件夹中删除图像文件

knitr markdown removes image file from project folder

r

pandoc

knitr

r-markdown