将参数传递给 subset() 和 unique()

Question

我正在使用 phyloseq 包。

test <- function( ...){

bar <- unique(sampleData[,'pH'])

foo <- subset_samples(phyloseqObject, pH == as.numeric(bar[1]@.Data))
print(foo)

}

test(pH)

我想将 pH 作为参数传递给 test() 但 unique() 不会接受它作为有效参数。我可以将 'pH' 传递给 test() 但 subset_samples() 不会接受它是有效的。我曾尝试将论点强制转换为几种不同的类型，但没有成功。

subset_samples 的来源：

subset_samples <- function(physeq, ...){
    if( is.null(sample_data(physeq)) ){ 
        cat("Nothing subset. No sample_data in physeq.\n")
        return(physeq)
    } else {
        oldDF <- as(sample_data(physeq), "data.frame")
        newDF <- subset(oldDF, ...)
        if( class(physeq) == "sample_data" ){
            return(sample_data(newDF))
        } else {
            sample_data(physeq) <- sample_data(newDF)
            return(physeq)
        }
    }
}

Answer 1

试试这个：

test=function(x,...){
   bar=unique(mtcars[,x])
   foo=subset(mtcars,mtcars[,x]==bar[1])
   return(foo)
}

Answer 2

根据@desc 所说的，我设法解决了这个问题：

test <- function(...){

    bar <- unique(sampleData[,...])

    foo <- subset_samples(phyloseqObject, eval(parse(bar@names)) == as.numeric(bar[1]))
    print(foo)

}

test('pH')

将参数传递给 subset() 和 unique()

Passing argument to subset() and unique()

r

subset

parameter-passing

phyloseq