如何在 R 中使用 conditional/for 循环将单列数据转换为两列矩阵

Question

我有一个单列数据框 - 示例数据：

1                          >PROKKA_00002 Alpha-ketoglutarate permease
2        MTESSITERGAPELADTRRRIWAIVGASSGNLVEWFDFYVYSFCSLYFAHIFFPSGNTTT
3        QLLQTAGVFAAGFLMRPIGGWLFGRIADRRGRKTSMLISVCMMCFGSLVIACLPGYAVIG
4                                          >PROKKA_00003 lipoprotein
5       MRTIIVIASLLLTGCSHMANDAWSGQDKAQHFLASAMLSAAGNEYAQHQGYSRDRSAAIG

每个字母序列都与其上方的“>”行相关联。我需要一个双列数据框，第一列中的行以“>”开头，第二列中的各个字母行连接为一个序列。这是我到目前为止尝试过的：

 y <- matrix(0,5836,2) #empty matrix with 5836 rows and two columns
 z <- 0
 for(i in 1:nrow(df)){
   if((grepl(pattern = "^>", x = df)) == TRUE){ #tried to set the conditional "if a line starts with ">", execute code"
     z <- z + 1
     y[z,1] <- paste(df[i])
     } else{
     y[z,2] <- paste(df[i], collapse = "")
     }
 }

我最终会使用 as.data.frame 将矩阵 y 转换回 data.frame，但我的循环不断出现错误：“}”中出现意外的“}”。我也不确定我的条件是否正确。谁能帮忙？将不胜感激！

Answer 1

尝试为目标符号和列 headers 的行创建索引。然后拆分该索引上的数据。调用 cumsum(ind1)[!ind1] 首先通过将逻辑向量强制转换为数字来创建一个 id 行，然后消除具有列 headers 的行。

ind1 <- grepl(">", mydf$x)

#split data on the index created
newdf <- data.frame(mydf$x[ind1][cumsum(ind1)], mydf$x)[!ind1,]

#Add names
names(newdf) <- c("Name", "Value")
newdf
#            Name               Value
# 2 >PROKKA_00002 Alpha-ketoglutarate
# 3 >PROKKA_00002      MTESSITERGAPEL
# 5 >PROKKA_00003         lipoprotein
# 6 >PROKKA_00003       MRTIIVIASLLLT

数据

mydf <- data.frame(x=c(">PROKKA_00002","Alpha-ketoglutarate","MTESSITERGAPEL", ">PROKKA_00003", "lipoprotein"   ,"MRTIIVIASLLLT"))

Answer 2

如果您能够适当地为行分配节号，则可以使用 plyr 来完成此操作：

library(plyr)
df <- data.frame(v1=c(">PROKKA_00002 Alpha-ketoglutarate permease",
                   "MTESSITERGAPELADTRRRIWAIVGASSGNLVEWFDFYVYSFCSLYFAHIFFPSGNTTT",
                   "QLLQTAGVFAAGFLMRPIGGWLFGRIADRRGRKTSMLISVCMMCFGSLVIACLPGYAVIG",
                   ">PROKKA_00003 lipoprotein",
                   "MRTIIVIASLLLTGCSHMANDAWSGQDKAQHFLASAMLSAAGNEYAQHQGYSRDRSAAIG"))
df$hasMark <- ifelse(grepl(">",df$v1,fixed=TRUE),1, 0)
df$section <- cumsum(df$hasMark)

t <- ddply(df, "section", function(x){
  data.frame(v2=head(x,1),v3=paste(x$v1[2:nrow(x)], collapse=''))
})

t <- subset(t, select=-c(section,v2.hasMark,v2.section)) #drop the extra columns

如果您随后查看 't' 我相信这就是您在原始 post

中寻找的内容

Answer 3

尽管我会坚持使用软件包，但这里有一个解决方案

初始化数据

mydf <- data.frame(x=c(">PROKKA_00002 Alpha-ketoglutarate","MTESSITERGAPEL", "MTESSITERGAPEL",">PROKKA_00003 lipoprotein", "MTESSITERGAPEL"   ,"MRTIIVIASLLLT"), stringsAsFactors = F)

进程

ind <- grep(">", mydf$x)
temp<-data.frame(ind=ind, from=ind+1, to=c((ind-1)[-1], nrow(mydf)))

seqs<-rep(NA, length(ind))
for(i in 1:length(ind)) {
  seqs[i]<-paste(mydf$x[temp$from[i]:temp$to[i]], collapse="")
}

fastatable<-data.frame(name=gsub(">", "", mydf[ind,1]), sequence=seqs)


> fastatable
                              name                     sequence
1 PROKKA_00002 Alpha-ketoglutarate MTESSITERGAPELMTESSITERGAPEL
2         PROKKA_00003 lipoprotein  MTESSITERGAPELMRTIIVIASLLLT

如何在 R 中使用 conditional/for 循环将单列数据转换为两列矩阵

How to convert single column data into two-column matrix using conditional/for loop in R

for-loop

r

string-concatenation

matrix

dataframe