Trimmomatic bug -baseout（和其他可选参数）
Trimmomatic bug -baseout (and other optional parameters)
我一直在努力解决 Trimmomatic v.0.33 运行 在 HPC 上尝试使用 -baseout 参数时的一些奇怪行为。
我的代码如下：
java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq \
-baseout mybaseoutname ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
Trimmomatic 会 运行 但奇怪的是，输出文件名会派生自我脚本的其他部分（例如，.fq、ILUMINACLIP、LEADING:3）。除了明确说明输出文件名之外，还有其他解决方法吗？
此错误的解决方案是指定任何选项参数（即带有减号标签的参数）在需要的参数（如输入文件和修整步骤）之前。
像这样重新排列参数，它应该 运行 没问题：
java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE -baseout mybaseoutname
input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
Tony Bolger（Trimmomatic 的创建者）在 seqanswers 上解释了这个错误：http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=46572&highlight=trimmomatic+baseout
我一直在努力解决 Trimmomatic v.0.33 运行 在 HPC 上尝试使用 -baseout 参数时的一些奇怪行为。
我的代码如下：
java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq \
-baseout mybaseoutname ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
Trimmomatic 会 运行 但奇怪的是，输出文件名会派生自我脚本的其他部分（例如，.fq、ILUMINACLIP、LEADING:3）。除了明确说明输出文件名之外，还有其他解决方法吗？
此错误的解决方案是指定任何选项参数（即带有减号标签的参数）在需要的参数（如输入文件和修整步骤）之前。
像这样重新排列参数，它应该 运行 没问题：
java -jar /path/to/trimmomatic-0.33.jar PE -baseout mybaseoutname
input_fastq_1.fq input_fastq_2.fq ILLUMINACLIP:TruSeq2-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
Tony Bolger（Trimmomatic 的创建者）在 seqanswers 上解释了这个错误：http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=46572&highlight=trimmomatic+baseout