r-raster 中的 overlay 和 ifelse 函数之间的冲突

Question

我是运行代码，在光栅包的 overlay 中使用 ifelse 函数时发现了一个奇怪的行为。简而言之，如果每个栅格的前 5 个值是 NA，该函数将报错。为什么会这样？下面是一段模仿我使用 R 3.2.3 和光栅版本 2.5-2 发现的问题的简短代码，以及我正在考虑同时使用的一些临时解决方案。

谢谢

卡洛斯·阿尔贝罗

library(raster)
cob1d <- raster(matrix(1,nr=6,nc=6))
cob1 <- cob1d; cob2 <- cob1d; cob3 <- cob1d
overlay(cob1, cob2, cob3, fun=function(x1, x2, x3)  ifelse(x1 > 0, x1 + x2 + x3,  x3))

# class       : RasterLayer 
# dimensions  : 6, 6, 36  (nrow, ncol, ncell)
# resolution  : 0.1666667, 0.1666667  (x, y)
# extent      : 0, 1, 0, 1  (xmin, xmax, ymin, ymax)
# coord. ref. : NA 
# data source : in memory
# names       : layer 
# values      : 3, 3  (min, max)


# Changing the first 5 values...

cob1[1:5] <- NA; cob2[1:5] <- NA; cob3[1:5] <- NA
overlay(cob1, cob2, cob3, fun=function(x1, x2, x3)  (x1 + x2 + x3))

给出相同的结果...

# but if I use `ifelse`, there is a problem:

overlay(cob1, cob2, cob3, fun=function(x1, x2, x3)  ifelse(x1 > 0, x1 + x2 + x3,  x3))
# Error in ifelse(x1, x1 + x2 + x3, x3) : 
#  argument "x2" is missing, with no default 

# Another way to solve it is adding a useless extra variable without `NA`.

cob4 <- cob1d
overlay(cob1, cob2, cob3, cob4, fun=function(x1, x2, x3, x4)  ifelse(x1 > 0, x1 + x2 + x3,  x3))
# same result as before...
# class       : RasterLayer 
# dimensions  : 6, 6, 36  (nrow, ncol, ncell)
# resolution  : 0.1666667, 0.1666667  (x, y)
# extent      : 0, 1, 0, 1  (xmin, xmax, ymin, ymax)
# coord. ref. : NA 
# data source : in memory
# names       : layer 
# values      : 3, 3  (min, max)

# or just avoiding the use of the `ifelse` function...

overlay(cob1, cob2, cob3, cob4, fun=function(x1, x2, x3, x4)  (x1 > 0) * (x1 + x2 + x3) + (x1 <= 0)*x3)

Answer 1

这是一个有趣的案例。 overlay 使用前 5 个单元格来确定如何处理数据（通过 apply 或通过 do.call）。第一个测试是看apply是否可以使用。如果所有值都是 NA

，则使用的函数可以是运行通过 apply

f <- function(x1, x2, x3)  ifelse(x1 > 0, x1 + x2 + x3,  x3)
m <- matrix(NA, 5, 3)
apply(m, 1, f)

根据该测试，apply 用于所有单元格。但是，当并非所有值都是 NA:

时，apply 将无法使用此函数

m[1] <- 1
apply(m, 1, f)

这失败了，因为只有一个第一个参数 x（不是 f 要求的三个参数）。

而 相反的 情况很常见（函数在仅提供 NA 值时失败），这种情况很少见。

raster:::calc 有参数 forcefun 来避免使用 apply，但这在 overlay 中不可用。我已将其添加到 raster 的未来版本（版本 >= 2.5-4）中，这样你就可以：

f <- function(x1, x2, x3)  ifelse(x1 > 0, x1 + x2 + x3,  x3)
overlay(cob1, cob2, cob3, fun=f, forcefun=TRUE)

在任何情况下，您都可以使用 calc 作为解决方法：

s <- stack(cob1, cob2, cob3)
r <- calc(s, fun=function(x)  ifelse(x[1] > 0, x[1] + x[2] + x[3],  x[3]))

或基于您的替代函数的另一种选择：

r <- (cob1 > 0) * (cob1 + cob2 + cob3) + (cob1 <= 0)*cob3

Answer 2

也许您必须在函数中使用每个 "x" 条件，例如

overlay(cob1, cob2, cob3, fun=function(x1, x2, x3)  ifelse(x1 > 0 & x2 >0 & x3 >0 , x1 + x2 + x3,  x3))

不仅条件x1 (x1>0)

r-raster 中的 overlay 和 ifelse 函数之间的冲突

conflict between overlay and ifelse functions in r-raster

r

r-raster