如何反转热图中行图例的颜色？

Question

我想反转行的默认注释：

library(NMF) #any other packages for this task are welcome
car<-cars
car$p<-sample(1:600, 50)*0.0001
aheatmap(as.matrix(cars[,1:2,drop=FALSE]),annRow =car[,"p",drop=FALSE])

正如您在行注释中看到的那样，0 表示白色，数字越大表示绿色越深。我希望看到 p 越小，绿色（或灰色）越深。

另外，如果可以的话，p大于0.05就只会呈现白色

这对我来说真的很有挑战性。感谢任何帮助或评论

Answer 1

您可以使用 annColors 参数更改颜色。这颠倒了绿白的顺序：

aheatmap(as.matrix(cars[,1:2,drop=FALSE]),annRow =car[,"p",drop=FALSE], annColors="-Greens")

要使高于 p=.05 的任何东西变为白色，您可以将数据子集化为高于该值 NA 的任何东西，并进行相同的着色：

car$p[car$p>.05]<-NA
aheatmap(as.matrix(cars[,1:2,drop=FALSE]),annRow =car[,"p",drop=FALSE], annColors="-Greens")

如何反转热图中行图例的颜色？

how to reverse the color of row legend in heatmap?

r

heatmap

pheatmap