如何捕获 system() 的输出

Question

这个问题是由 Rmarkdown not outputting results of system command to html file 提出的。由于某些原因，system()在R（或system2()）中的输出无法被sink()或capture.output()捕获，所以目前没有办法knitr 记录输出。比如在R控制台中：

> system('ls')
DESCRIPTION
NAMESPACE
R
README.md
inst
man

但在 knitr 文档中，您将看不到输出，因为 capture.output(system('ls')) 是 character(0)，即无法捕获输出。当然，我可以像我在那个问题的答案中提到的那样 cat(system('ls', intern = TRUE), sep = '\n') ，但这有点尴尬。我想知道这是否是一种在不使用 intern = TRUE 和 cat() 的情况下捕获 system() 输出的方法。

更新：请参阅 https://github.com/yihui/knitr/issues/1203 以了解我提供的解决问题的 hack。

Answer 1

我不认为你可以这样做（至少在 *nix 系统上；我手边没有 Windows/Mac 系统）因为 system 似乎无形地 return由执行的命令编辑的值 return，并且 R 似乎没有将命令的输出重定向到 R 控制台。

这是因为您的终端 stdout 与 R 控制台 "stdout" 不同。您在 R 会话中看到的是终端 stdout 和 R 进程输出的混合。 capture.output 正在寻找 R 进程的输出，而不是从父进程到 stdout 的所有输出。

您可以启动一个打印到 stdout 的进程，将其置于后台，然后启动 R... 您将在 "R output" 中看到该进程的输出，类似于如果你有运行 system("ping -c5 8.8.8.8") 来自 R.

josh@computer: /home/josh
> ping -c5 8.8.8.8 & R
[1] 5808
PING 8.8.8.8 (8.8.8.8) 56(84) bytes of data.
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=1 ttl=46 time=39.9 ms

R version 3.2.4 Revised (2016-03-16 r70336) -- "Very Secure Dishes"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

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'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> 64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=2 ttl=46 time=38.1 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=3 ttl=46 time=38.3 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=4 ttl=46 time=38.4 ms
64 bytes from 8.8.8.8: icmp_seq=5 ttl=46 time=38.3 ms

--- 8.8.8.8 ping statistics ---
5 packets transmitted, 5 received, 0% packet loss, time 4003ms
rtt min/avg/max/mdev = 38.176/38.656/39.986/0.703 ms

> q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
[1]+  Done                    ping -c5 8.8.8.8

josh@computer: /home/josh
>

Answer 2

您可以添加一个函数 knitr::system 来屏蔽 base::system。用户可以像 system::base 一样使用它，但输出可以通过 capture.output:

捕获

system <- function(...) {
  stopifnot(!any(names(list(...)) %in% "intern"))
  result <- base::system(..., intern = TRUE)
  print(result)
}

我承认，这有点老套，老实说，我不确定可能的副作用。但我认为这值得一试。

如何捕获 system() 的输出

How to capture the output of system()

r

stdout

knitr