Link 带有 C 代码的 Rcpp，用于 Adaptive Metropolis 拒绝采样

Question

我想对我的 Gibbs 采样使用 Adaptive Metropolis 拒绝采样 (AMRS)。我可以直接在 R 中使用包 HI 并使用该算法。但是，由于我的参数太多，在 R 的循环中一个一个地采样是相当慢的。所以我正在考虑用 Rcpp 编写整个采样部分。问题是如何在Rcpp中使用AMRS功能。一种选择是找到一种在 Rcpp 中使用 R 函数的方法，但它会很慢。然后在页面中找到了原来的C代码

[1]: AMRS http://www1.maths.leeds.ac.uk/~wally.gilks/adaptive.rejection/web_page/Welcome.html

所以问题变成了如何将C代码与Rcpp集成。当我在 "call C in C++" 周围搜索时，这些都是关于先编译 C，然后是 C++，然后是 link。但是我不知道如何在 Rcpp 中执行此操作，因为编译是在我使用 SourceCpp 时发生的。任何人都可以给我一些建议如何实现这一目标？

Answer 1

看看如何 HI implemented the C code in their package。

具体来说，您应该实现自己的版本：

SEXP arms(SEXP bounds, SEXP myldens, SEXP yprev, SEXP size, SEXP rho);

在https://github.com/cran/HI/blob/master/src/arms-R.c#L86-L172

中给出

在这种情况下，您应该选择将 SEXP 对象替换为适当的 Rcpp 数据类型：

/* bounds      : boundaries of the support of the density */
/* myldens     : R function to evaluate log density */
/* yprev       : previous value from markov chain */
/* size        : number of sampled values to be obtained */
/* rho         : R environment in which the logdensity is evaluated */

注意： 实现应该是基于包的，而不是使用 sourceCpp()

Link 带有 C 代码的 Rcpp，用于 Adaptive Metropolis 拒绝采样

Link Rcpp with C code for Adaptive Metropolis rejection sampling

c

c++

r

rcpp