使用 Rcpp 在 R 包中添加外部库

Question

我正在尝试开发一个 R 包，它使用 Sundials C 库来求解微分方程。为了不让用户安装库，我把库的源代码放在我的包里。

我已将库中的所有头文件放在 /inst/include/sundials-2.6.2 中，将 .c 文件放在包文件夹的 src/sundials-2.6.2 中。

根据我对有关该主题的 SO 帖子的阅读，多个文件中的 sourceCpp 代码（例如，单独的 .h 和 .cpp 文件如果被构造为包的一部分。我正在尝试运行日晷包中的示例代码文件

我的代码（只有开头部分）看起来像

#include <Rcpp.h>

#include "../inst/include/sundials-2.6.2/cvode/cvode.h"             /* prototypes for CVODE fcts., consts. */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/nvector/nvector_serial.h"  /* serial N_Vector types, fcts., macros */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/cvode/cvode_dense.h"      /* prototype for CVDense */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/sundials/sundials_dense.h" /* definitions DlsMat DENSE_ELEM */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/sundials/sundials_types.h" /* definition of type realtype */

但是，我收到一个错误

fatal error: sundials/sundials_nvector.h: No such file or directory

我在以下 github 个存储库中做了类似的例子

Rcppsundials - https://github.com/AleMorales/RcppSundials.R/blob/master/src/cvode.cpp

使用

调用头文件

#include <cvodes/cvodes.h>           // CVODES functions and constants
#include <nvector/nvector_serial.h>  // Serial N_Vector
#include <cvodes/cvodes_dense.h>     // CVDense

并已将头文件合并到 /inst/include/ 文件夹下。

这是我尝试开发的第一个包，我还没有广泛使用 C/C++，所以我尝试编译这个程序的方式可能有些愚蠢。

附带说明 - 我能够在我的 OSX 机器上安装和运行一个示例，但目前我正在使用没有日晷的 Windows 机器安装。它确实安装了 Rtools，所以我可以编译运行示例 Rcpp 程序。

谢谢序列号

Answer 1

外部库链接应使用以下设置完成：

R/
inst/
  |- include/
     |- sundials/ 
  |- header.h
src/
  |- sundials/
  |- Makevars
  |- Makevars.win
  |- action.cpp
man/
DESCRIPTION
NAMESPACE

然后添加以下内容：

PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)
PKG_CPPFLAGS =  -I../inst/include/ -I src/sundials

Makevars 和 Makevars.win

在这里，我选择从文件夹名称中删除日晷版本号。

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我已经对编译包进行了必要的修复：

https://github.com/sn248/Rcppsbmod/pull/1

注：

结构是：

inst/
  |- include/
     |- sundials/  
        |- arkode/
        .....
        |- nvector/  
        |- sundials/ 
  |- header.h

这将强制包含语句为：

#include <sundials/cvodes/cvodes.h>           // CVODES functions and constants
#include <sundials/nvector/nvector_serial.h>  // Serial N_Vector
#include <sundials/cvodes/cvodes_dense.h>     // CVDense

我将其更改为：

inst/
  |- include/
     |- arkode/
     .....
     |- nvector/  
     |- sundials/ 
  |- header.h

因此，语句将始终是：

#include <cvodes/cvodes.h>           // CVODES functions and constants
#include <nvector/nvector_serial.h>  // Serial N_Vector
#include <cvodes/cvodes_dense.h>     // CVDense

使用 Rcpp 在 R 包中添加外部库

Adding an external library in R package using Rcpp

rcpp

r-package

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