如何转置制表符分隔文件中的选定数据

Question

我有一个输入文件，每个文件有 3 列-

File1 -     SNP    SampleID    Pairs (header)
            rs1     sample1    AG
            rs1     sample2    GT
            rs1     sample3    AG
            rs2     sample1    AG
            rs2     sample2    TT
            rs2     sample3    GG
            rs3     sample1    GG
            rs3     sample2    AG
            rs3     sample3    AG

预期输出文件 - 一种矩阵，行中包含所有 SNP，列中包含样本 ID

example:    
     sample1    sample2    sample3 .........
rs1   AG          GT          AG
rs2   AG          TT          GG
rs3   GG          AG          AG

输入文件是制表符分隔的，输出文件也应该是制表符分隔的。

解决方案可以在 Java 中。编辑：我可以读取该文件，但不确定如何以给定格式将其写入另一个文件。

提前致谢。

Answer 1

要打印出由标签分隔的字符串，请查看此代码：

System.out.println(String.format("%s\t%s\t%s", "a", "b","c"));

您只需要将 \t 作为分隔符，因为此字符是 tab，当您打印结果时。

如果您使用 StringBuffer 连接行，您可以使用字符而不是字符串：

'\t'

而不是：

"\t"

Here 您可以找到有关如何 read/write CSV 文件的更详细指南。

如何转置制表符分隔文件中的选定数据

How to transpose selected data from Tab delimited file

java

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