NumericMatrix 未被识别为 RcppParallel 包中的类型

Question

我正在学习在我的工作中使用 RcppParallel，并试图安装一个用 Rcpp.package.skeleton() 制作的简单包。该软件包包含三个源文件，Rcpp 的 HelloWorld (rcpp_hello_world.cpp) 和在 RcppParallel 网站 (http://gallery.rcpp.org/articles/parallel-matrix-transform/) 中找到的矩阵转换函数的两个版本。串行版本 (matrixSqrt.cpp) 和并行版本 (parallelMatrixSqrt.cpp)。此外，我对 DESCRIPTION 和 NAMESPACE 文件进行了必要的添加，并使用建议的行制作了 Makevars 和 Makevars.win。

问题是，当我尝试安装软件包时，出现以下错误：

parallelMatrixSqrt.cpp:14:21: error: ‘NumericMatrix’ does not name a type SquareRoot(const NumericMatrix input, NumericMatrix output)

不知道是不是链接器的问题。 Makevars 文件如下所示：

Makevars

PKG_LIBS += $(shell ${R_HOME}/bin/Rscript -e "RcppParallel::RcppParallelLibs()")

Makevars.win

PKG_CXXFLAGS += -DRCPP_PARALLEL_USE_TBB=1
PKG_LIBS += $(shell "${R_HOME}/bin${R_ARCH_BIN}/Rscript.exe" \
              -e "RcppParallel::RcppParallelLibs()")

编辑：这就是 parallelMatrixSqrt.cpp 的样子

#include <RcppParallel.h>
using namespace RcppParallel;

struct SquareRoot : public Worker
{
   // source matrix
   const RMatrix<double> input;

   // destination matrix
   RMatrix<double> output;

   // initialize with source and destination
   SquareRoot(const NumericMatrix input, NumericMatrix output) 
      : input(input), output(output) {}

   // take the square root of the range of elements requested
   void operator()(std::size_t begin, std::size_t end) {
      std::transform(input.begin() + begin, 
                     input.begin() + end, 
                     output.begin() + begin, 
                     ::sqrt);
   }
};

// [[Rcpp::export]]
NumericMatrix parallelMatrixSqrt(NumericMatrix x) {

  // allocate the output matrix
  NumericMatrix output(x.nrow(), x.ncol());

  // SquareRoot functor (pass input and output matrixes)
  SquareRoot squareRoot(x, output);

  // call parallelFor to do the work
  parallelFor(0, x.length(), squareRoot);

  // return the output matrix
  return output;
}

谢谢

Answer 1

NumericMatrix class 由 Rcpp 提供，因此您需要通过使用

拉入 Rcpp 命名空间来访问它

using namespace Rcpp;

或明确地为命名空间名称添加前缀，例如

Rcpp::NumericMatrix

请注意警告：避免使用 R / Rcpp API 意味着避免在 RcppParallel::Worker 函数的定义中使用它们。您希望避免在并行上下文中使用 R / Rcpp API 的首要原因是这些例程可能：

分配，并因此触发 R 垃圾收集器，如果在单独的线程上完成，这将导致大问题；或
抛出错误，从而导致 longjmp 爆炸宇宙（如果我理解正确，这是 C++ 程序中未定义行为的允许结果）

您通常可以从 Rcpp 对象构建 Worker 对象，但为了安全起见，您通常希望使用本地 RcppParallel::RMatrix<T> 对象存储关联数据，因为该对象是'safer' 因为它只提供在并行上下文中安全使用的例程——特别是，它提供迭代器，允许您将它与 C++ STL 一起使用，这在许多情况下应该足够了。

Answer 2

#include <RcppParallel.h>
using namespace RcppParallel;

用下面的行而不是上面的行来修补你的代码。您没有包含 Rcpp 名称 space，这对我有用。

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
#include <Rcpp.h>
#include <RcppParallel.h>
using namespace Rcpp;
using namespace RcppParallel;

您还没有提取 Rcpp 名称space，编译 space NumericVector 或 NumericMatrix 时将需要它。

因此，工作代码将是

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
#include <Rcpp.h>
#include <RcppParallel.h>
#include <limits>
using namespace Rcpp;
using namespace RcppParallel;
struct SquareRoot : public Worker
{
// source matrix
 const RMatrix<double> input;

// destination matrix
RMatrix<double> output;

// initialize with source and destination
 SquareRoot(const NumericMatrix input, NumericMatrix output) 
 : input(input), output(output) {}

// take the square root of the range of elements requested
 void operator()(std::size_t begin, std::size_t end) {
 std::transform(input.begin() + begin, 
               input.begin() + end, 
               output.begin() + begin, 
               ::sqrt);
 }
 };

  // [[Rcpp::export]]
   NumericMatrix parallelMatrixSqrt(NumericMatrix x) {

  // allocate the output matrix
   NumericMatrix output(x.nrow(), x.ncol());

  // SquareRoot functor (pass input and output matrixes)
   SquareRoot squareRoot(x, output);

  // call parallelFor to do the work
    parallelFor(0, x.length(), squareRoot);

  // return the output matrix
  return output;
  }

但是，我收到“没有匹配的函数来调用转换”的错误，如果您知道答案可能是，请回复。

NumericMatrix 未被识别为 RcppParallel 包中的类型

NumericMatrix not recognized as a type in RcppParallel Package

c++

parallel-processing

r

rcpp

r-package