如何安排草率的热图 r

Question

我想创建一个 p 值热图，结果为 pairwise.wilcox.test。因此，在执行测试后，我重塑了结果：

test <- pairwise.wilcox.test(world$mean, world$con, p.adjust.method ="bonferroni",conf.level = 0.95)
test.result <- melt (test[[3]],na.rm=T)

结果如下：

     X1       X2        value
1    europe   africa 7.216273e-20
2  namerica   africa 2.694228e-23
3  samerica   africa 1.001953e-01
4      asia   africa 3.515077e-66
5    europe   europe           NA
6  namerica   europe 6.551144e-02
7  samerica   europe 2.615654e-05
8      asia   europe 2.148064e-09
9    europe namerica           NA
10 namerica namerica           NA
11 samerica namerica 4.894171e-10
12     asia namerica 3.642124e-02
13   europe samerica           NA
14 namerica samerica           NA
15 samerica samerica           NA
16     asia samerica 5.999172e-25

然后我运行一个ggplot2脚本来获取热图：

test.result$X1 <- factor(test.result$X1, levels = c("europe", "namerica", "samerica", "asia"))
test.result$X2 <- factor(test.result$X2, levels = c("europe", "namerica", "samerica","asia"))

test.result$value<-cut(test.result$value, breaks=c(-Inf,0.001,0.05,1),right=F)

ggplot(data = test.result, aes(X1, X2, fill = value)) +
  geom_tile(aes(fill=test.result$value),color="white") +
  scale_fill_brewer(palette="Blues",name="p-Val")
  theme_minimal() + 
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, vjust = 1, 
                                   size = 12, hjust = 1)) +
  coord_fixed()

结果如下图：

如您所见，该图未按对角线排序，有点草率...我不知道如何正确排列该图才能获得对角线中的所有 p 值。感谢您的帮助

我要找的图是这样的：

Answer 1

我想这就是你想要的？:

调用你的数据tr:

tr = structure(list(X1 = structure(c(2L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L, 4L, 1L, 
2L, 3L, 4L, 1L, 2L, 3L, 4L, 1L), .Label = c("asia", "europe", 
"namerica", "samerica"), class = "factor"), X2 = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("africa", 
"europe", "namerica", "samerica"), class = "factor"), value = c(7.216273e-20, 
2.694228e-23, 0.1001953, 3.515077e-66, NA, 0.06551144, 2.615654e-05, 
2.148064e-09, NA, NA, 4.894171e-10, 0.03642124, NA, NA, NA, 5.999172e-25
)), .Names = c("X1", "X2", "value"), class = "data.frame", row.names = c("1", 
"2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12", "13", 
"14", "15", "16"))

Swarch 的评论是正确的，因为我们需要因子具有相同的 levels/same 顺序。注释没有完全起作用，因为 africa 被省略了。修复：

lev = c("europe", "namerica", "samerica", "asia", "africa")
tr$X1 <- factor(tr$X1, levels = lev)
trX2 <- factor(tr$X2, levels = lev)

我们现在可以画图了。此处进行一些更正

从不在 aes() 中使用 data$column - 使用不带引号的列名。
如果您在顶部 ggplot() 调用中指定 fill = value，则无需为 geom_tile() 层重复。
你的value似乎是连续的。 scale_fill_brewer 表示离散比例，因此不能在此处使用。没有似乎很好，但你也可以尝试 scale_fill_distiller.
您问题中的代码缺少 +。

此代码有效：

ggplot(data = tr, aes(X1, X2, fill = value)) +
    geom_tile(color = "white") +
    theme_minimal() +
    theme(axis.text.x = element_text(
        angle = 45,
        vjust = 1,
        size = 12,
        hjust = 1
    )) +
    coord_fixed()

另请注意，此处缺少 1 的精确对角线（与您的 mtcars 示例不同），因为您的数据中缺少它。即 X1 中完全没有 africa，X2 中完全没有 asia。如果要绘制这些图块，则需要使用这些行来扩充数据。

如何安排草率的热图 r

How to arange a sloppy heatmap r

r

heatmap

ggplot2