使用 Pandas Dataframe 注释 seaborn clustermap

Question

我正在使用 seaborn (v.0.7.0) 绘制热图。这是我的代码：

Updated code after fixing the problem

### Get Data
sns.set(style="white")
adata       = pd.read_csv("Test.txt", sep="\t",index_col=0)
adata_log   = np.log2(adata)
e           = adata.iloc[0:7,0:3]
e_log       = adata_log.iloc[0:7,0:3]

#### Set up the matplotlib figure
f, ax       = plt.subplots(figsize=(11, 9))

#### Set color
hmcol       = ["#ffffff","#ffffff","#fbe576","#c06e36","#9a2651"]
cmap        = sns.blend_palette(hmcol,as_cmap=True)

#### Plot clustermap
sns.set(font_scale=0.8) ## 0.8 for normal use
aplot = sns.clustermap(e_log,cmap=cmap,method='average', metric='euclidean',standard_scale=None,row_cluster=False,col_cluster=False,row_linkage=None,col_linkage=None,linewidths=.05,square=True,annot=e,annot_kws={"size": 15},fmt='.2f')

aplot.cax.set_visible(False) #remove color bar
plt.setp(aplot.ax_heatmap.xaxis.get_majorticklabels(), rotation=90) ## Y-Axis label rotations
plt.setp(aplot.ax_heatmap.yaxis.get_majorticklabels(), rotation=0) ## X-Axis label rotations

##Save Figure
aplot.savefig(“Test-Fig1.0.pdf",orientation='potrait',dpi=600)

有什么方法可以将数据框“e”中的值用作注释？我试过了

annot=e

在 clustermap 中，但它给我一个错误：

ValueError: The truth value of a DataFrame is ambiguous. Use a.empty, a.bool(), a.item(), a.any() or a.all().

还有，反正我画的是横屏模式？这是上面代码中的数据和图形：

print(e)

        X       Y      Z
A  100.72   90.20  13.58
B  160.98  162.24  12.85
C    6.76    8.03   0.66
D  241.49  277.89  29.43
E  156.78  145.54  30.72
F    6.09    5.96   0.93
G    4.57    1.16   0.74

Answer 1

升级'seaborn'到v0.7.1解决了注释问题。我已经用修复更新了我的答案。

对于横向绘图，我想最简单的方法是将我的数据从高顺序更改为长顺序，即通过复制数据并按转置粘贴来更改输入测试文件文件。

巴德

使用 Pandas Dataframe 注释 seaborn clustermap

Annotate seaborn clustermap with Pandas Dataframe

numpy

heatmap

python-3.x

pandas

seaborn