使用 Jena 阅读 owl ontology 的问题

Question

我正在尝试使用 Jena. The ontology was created in Protégé.

读取 owl ontology

这是我的原始 .owl 文件（部分）（部分术语为葡萄牙语）：

<?xml version="1.0"?>


<!DOCTYPE Ontology [
    <!ENTITY xsd "http://www.w3.org/2001/XMLSchema#" >
    <!ENTITY xml "http://www.w3.org/XML/1998/namespace" >
    <!ENTITY rdfs "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#" >
    <!ENTITY rdf "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" >
]>


<Ontology xmlns="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
     xml:base="http://james.miranda.br/Onto"
     xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
     xmlns:xml="http://www.w3.org/XML/1998/namespace"
     xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
     xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"
     ontologyIRI="http://james.miranda.br/Onto"
     versionIRI="http://james.miranda.br/Onto/1.0.0">
    <Prefix name="" IRI="http://www.w3.org/2002/07/owl#"/>
    <Prefix name="owl" IRI="http://www.w3.org/2002/07/owl#"/>
    <Prefix name="rdf" IRI="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"/>
    <Prefix name="xsd" IRI="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"/>
    <Prefix name="rdfs" IRI="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#"/>
    <Annotation>
        <AnnotationProperty abbreviatedIRI="rdfs:comment"/>
        <Literal xml:lang="en" datatypeIRI="&rdf;PlainLiteral">Ontology for the decision process</Literal>
    </Annotation>
    <Annotation>
        <AnnotationProperty abbreviatedIRI="rdfs:comment"/>
        <Literal xml:lang="pt" datatypeIRI="&rdf;PlainLiteral">Ontologia para o processo de tomada de decisões.</Literal>
    </Annotation>
    <Declaration>
        <Class IRI="#AcaoDesign"/>
    </Declaration>
    <Declaration>
        <Class IRI="#Alternativa"/>
    </Declaration>

PasteBin

中的完整文件

这是我的 class:

public class ReadOntology {


    public static void run(String ontologyInFile) {

        OntModel model = ModelFactory.createOntologyModel(OntModelSpec.OWL_DL_MEM_RULE_INF, null);
        InputStream ontologyIn = FileManager.get().open(ontologyInFile);

        loadModel(model, ontologyIn);
    }


    /** 
     * @param m
     * @param ontologyIn */
    protected static void loadModel(OntModel m, InputStream ontologyIn) {
        try {
             m.read(ontologyIn, "RDF/XML");
             //also tried m.read(ontologyIn, "OWL/XML");
        } catch (Exception e) {
            System.out.println(e.getMessage());
        }

    }

}

我在我的 HTTP Servlet class 中使用这个 class，如下所示：

ServletContext context = this.getServletContext();
String fullPath = context.getRealPath("/WEB-INF/ontology/Onto.owl");
ReadOntology.run(fullPath);

我收到以下错误：

log4j:WARN No appenders could be found for logger (org.apache.jena.riot.system.stream.JenaIOEnvironment).
log4j:WARN Please initialize the log4j system properly.
log4j:WARN See http://logging.apache.org/log4j/1.2/faq.html#noconfig for more info.
Error [line: 27, col: 64] {E201} Multiple children of property element

我一直以为是log4j的问题，但是this question中的评论把我带到了另一个方向。

经过一些研究和关注，我在 Ontology API documentation that Jena does not have full support to OWL2, and apparently, this was the problem. The answer for this another question 中看到表明解决方案可能在 .owl 文件中。

最后我保存在RDF/XML（文件扩展名还是.owl），结果是：

<?xml version="1.0"?>


<!DOCTYPE rdf:RDF [
    <!ENTITY owl "http://www.w3.org/2002/07/owl#" >
    <!ENTITY xsd "http://www.w3.org/2001/XMLSchema#" >
    <!ENTITY rdfs "http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#" >
    <!ENTITY rdf "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" >
]>


<rdf:RDF xmlns="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
     xml:base="http://www.w3.org/2002/07/owl"
     xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
     xmlns:owl="http://www.w3.org/2002/07/owl#"
     xmlns:xsd="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#"
     xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#">
    <Ontology rdf:about="http://james.miranda.br/Onto">
        <rdfs:comment xml:lang="en">Ontology for the decision making process</rdfs:comment>
        <rdfs:comment xml:lang="pt">Ontologia para o processo de tomada de decisões.</rdfs:comment>
        <versionIRI rdf:resource="http://james.miranda.br/Onto/1.0.0"/>
    </Ontology>



    <!-- 
    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
    //
    // Object Properties
    //
    ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
     -->




    <!-- http://james.miranda.br/Onto#atende -->

    <ObjectProperty rdf:about="http://james.miranda.br/Onto#atende">
        <rdf:type rdf:resource="&owl;InverseFunctionalProperty"/>
    </ObjectProperty>



    <!-- http://james.miranda.br/Onto#compoe -->

    <ObjectProperty rdf:about="http://james.miranda.br/Onto#compoe">
        <rdfs:subPropertyOf rdf:resource="http://james.miranda.br/Onto#ehParteDe"/>
    </ObjectProperty>



    <!-- http://james.miranda.br/Onto#conflitaCom -->

    <ObjectProperty rdf:about="http://james.miranda.br/Onto#conflitaCom">
        <rdf:type rdf:resource="&owl;ReflexiveProperty"/>
    </ObjectProperty>

PasteBin 中的完整文件。

但同样的错误仍然存在。我发现有类似的问题，但解决方案对我没有帮助。

我不知道现在该怎么办。我做错了什么？

信息：

Ubuntu 14.04;
JDK 1.8.0;
Netbeans 8.0.2；
GlassFish 4.1；
耶拿 3.1.0;

Answer 1

只是为了通知任何与我有类似问题的人（或任何想使用 Jena 阅读门徒 ontology 的人），下面是我用来实现它的过程和代码：

1 - 在 Protégé 中，将文件另存为 RDF/XML;

2 - 将文件复制到您的 WEB-INF 目录（如果需要，可以在任何子目录下）；

3 - 创建一个 class 来阅读你的 ontology。例如：

 import java.io.InputStream;
 import org.apache.jena.ontology.*;
 import org.apache.jena.rdf.model.ModelFactory;
 import org.apache.jena.util.FileManager;

 public class ReadOntology {

    public OntModel model;

    public static void run(String ontologyInFile) {

        model = ModelFactory.createOntologyModel(OntModelSpec.OWL_DL_MEM_RULE_INF, null);
        InputStream ontologyIn = FileManager.get().open(ontologyInFile);

        loadModel(model, ontologyIn);
    }


    /** 
     * @param m
     * @param ontologyIn */
    protected static void loadModel(OntModel m, InputStream ontologyIn) {
        try {
             m.read(ontologyIn, "RDF/XML");
        } catch (Exception e) {
            System.out.println(e.getMessage());
        }

    }

}

4 - 使用 Servlet class（扩展 HttpServlet），您可以使用创建的 class，如下所示：

ServletContext context = this.getServletContext();
String fullPath = context.getRealPath("/WEB-INF/yourOntologyName.owl");
ReadOntology.run(fullPath);
ExtendedIterator<OntClass> classIterator = ReadOntology.model.listClasses(); 
while (classIterator.hasNext()) { 
    OntClass ontClass = classIterator.next(); 
    System.out.println(ontClass.toString());
}

使用 Jena 阅读 owl ontology 的问题

Problems to read a owl ontology using Jena

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