如何在 RMarkdown table 中嵌入绘图？

Question

我正在尝试在 RMarkdown 中生成报告模板。在这份报告中，我想在我正在使用的调查中问题的编号和文本旁边的单元格中绘制一个图。我生成了一些示例图并在 MS Word 中制作了以下示例。是否可以将 R 生成的绘图放入 RMarkdown 的 table 中？

如果是，代码会是什么样子？

编辑 (9/8/16): 我现在包含 .Rmd 文件。问题是 html 文件无法编译并显示以下消息。

pandoc: Could not fetch Template1_files/figure-html/score_table-1.png
Template1_files/figure-html/score_table-1.png: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)
Error: pandoc document conversion failed with error 67
Execution halted

Template1是文件名，score_table是块标签。

有人愿意帮我诊断问题吗？

<meta charset="utf-8">
---
title: "Untitled"
author: "Xander"
date: "September 7, 2016"
output: html_document
    self_contained: false
---

```{r mychunk, fig.show = "hide", echo = FALSE, fig.height=3, fig.width=5}
library(knitr)
library(ggplot2)

# sample data
dat <- data.frame(text = sapply(1:10, FUN = function(x) { paste0(sample(x = LETTERS, size = 15), collapse = "") }))
score_set = replicate(n = 10, expr = {data.frame(other = c("other", "other", "other", "other"), score=sample(1:7,4,TRUE))},simplify = F)

#Plot Function
plotgen<-function(score_set,other,score){
  p <- ggplot(score_set, aes(factor(other), score))
  p + geom_violin(fill = "#99CCFF") + coord_flip() + scale_x_discrete(name=NULL) +
  scale_y_continuous(breaks = round(seq(1, 7, by = 1),1), limits = c(1,7), name=NULL) + theme(axis.text.y=element_blank(),axis.title.y=element_blank(),axis.ticks.y=element_blank(),
      panel.grid.major.y = element_line(colour = "black"),
      panel.grid.minor = element_blank(),
      panel.background = element_rect(fill = "white"),
      panel.border = element_rect(colour = "black", fill=NA, size=1)) +
geom_hline(yintercept=sample(1:7,1,TRUE), size = 1.5, colour = "#334466")
}

# generate plots
invisible(lapply(seq_along(score_set), FUN = function(x) {plotgen(score_set[[x]],other,score)}))

out <- cbind(row.names(dat), 
         as.character(dat$text), 
         sprintf("![](%s%s-%s.png)", opts_current$get("fig.path"), opts_current$get("label"), 1:nrow(dat)))
kable(out, col.names = c("ID", "Text", ""))
````

Answer 1

您可以执行以下操作（对于基础地块，不是对于ggplot2地块——请参阅最底部的评论）：

```{r mychunk, fig.show = "hide", echo = FALSE, fig.height=3, fig.width=5}
library(knitr)
# sample data
dat <- data.frame(
  text = sapply(1:10, FUN = function(x) { paste0(sample(x = LETTERS, size = 15), collapse = "") }), 
  x1 = rnorm(10), 
  x2 = rnorm(10, mean = 3), 
  x3 = rnorm(10, mean = 5))

# generate plots
invisible(apply(dat[, 2:4], MARGIN = 1, FUN = boxplot))

out <- cbind(row.names(dat), 
             as.character(dat$text), 
             sprintf("![](%s%s-%s.png)", opts_current$get("fig.path"), opts_current$get("label"), 1:nrow(dat)))
kable(out, col.names = c("ID", "Text", "Boxplot"))
```

apply(dat[, 2:4], MARGIN = 1, FUN = boxplot) 使用来自 x1、x2 和 x3 的数据生成箱线图。由于 fig.show="hide".
sprintf("![](%s%s-%s.png)", opts_current$get("fig.path"), opts_current$get("label"), 1:nrow(dat)) 生成 markdown 语法以包含图表。这类似于 calling include_graphics 但优点是我们将降价作为字符向量。
最后，kable 生成 table。

或者，您可以使用 Pandoc 的 pipe_table 手动生成 table，这样可以提供更大的灵活性。

以上代码的输出：

展示了如何将其应用于 ggplot2 图：逐个元素打印 apply 返回的 list，即 invisible(apply(...)) 变为 invisible(lapply(apply(...), print)).

Answer 2

有

ggplot2

这现在成为可能：

library(ggplot2)

# Create a ggplot plot
plot_object <-
  ggplot(
    data = gtcars,
    aes(x = hp, y = trq,
        size = msrp)) +
  geom_point(color = "blue") +
  theme(legend.position = "none")

# Create a tibble that contains two
# cells (where one is a placeholder for
# an image), then, create a gt table;
# use the `text_transform()` function
# to insert the plot using by calling
# `ggplot_object()` within the user-
# defined function
tab_1 <-
  dplyr::tibble(
    text = "Here is a ggplot:",
    ggplot = NA
  ) %>%
  gt() %>%
  text_transform(
    locations = cells_body(columns = ggplot),
    fn = function(x) {
      plot_object %>%
        ggplot_image(height = px(200))
    }
  )

来源[21/01/2022]：https://gt.rstudio.com/reference/ggplot_image.html

如何在 RMarkdown table 中嵌入绘图？

How can I embed a plot within a RMarkdown table?

plot

r

knitr

r-markdown