列表中所有数据框中的 R gsub 列名称

Question

我有一个包含列名的数据框列表，我想用它替换一些字符串，但我做不对。

list:
[1]
cpg value.TCGA.06.5415.01A     value.TCGA.02.0003.01A   value.TCGA.16.1062.01A
cg02726808  0.934641544 NA  NA
cg04243127  0.8828403   NA  NA
[2]
cpg value.TCGA.QH.A6CV.01A  value.TCGA.E1.A7Z4.01A  value.TCGA.E1.5303.01A
 cg02726808 0.938556343 0.92163563  0.959269597
 cg04243127 0.886928811 0.842963126 0.937700666
[N]
.....

Desired output:
    list:           
[1]         
cpg 06.5415.01A 02.0003.01A 16.1062.01A
cg02726808  0.934641544 NA  NA
cg04243127  0.8828403   NA  NA
[2]         
cpg QH.A6CV.01A E1.A7Z4.01A E1.5303.01A
cg02726808  0.938556343 0.92163563  0.959269597
cg04243127  0.886928811 0.842963126 0.937700666
[N]         
.....

我试着写了以下内容：

lapply(lst, function(x) { gsub("value.TCGA.", "", colnames(lst[[x]]))})

R Studio 中的错误：

Error in llis1[[xy]] : invalid subscript type 'list'
Called from: is.data.frame(x)
Browse[1]>

而且我不明白这是什么意思。感谢您的帮助。

Answer 1

尝试

lapply(lst, function(x) {
  colnames(x) <- gsub("value.TCGA.", "", colnames(x))
  return(x)
})

x 在这种情况下是 lst 的元素而不是 lst 的元素的索引。所以在你的代码中，你试图做 lst[[ lst[[1]] ]]。从这里开始，错误消息应该是有意义的。

Answer 2

我们可以使用 setNames 将列名替换为 sub 中的新列名。

lapply(lst, function(x) setNames(x, sub("value.TCGA.", "", names(x))))

或者另一个选项是 substring 如果 'value.TCGA.' 位置在除第一个列之外的所有列名中都相同。

lapply(lst, function(x) setNames(x, c("cpg", substring(names(x)[-1], 12)))

列表中所有数据框中的 R gsub 列名称

R gsub column names in all data frames within a list

r

list

gsub

lapply