R在闪亮的应用程序没有错误后停止脚本

Question

这是我第一次在这里发布问题，如果我过于含糊或不清楚，请原谅我。我在 R 中运行ning 一个脚本，它以一个闪亮的应用程序开头，并且在使用 Windows 时这个脚本运行是完美的。但是，当在 Mac 上时，脚本似乎会在闪亮的应用程序之后捕获某些命令。这是我的脚本的一个最小示例。我包含了完整的闪亮应用程序以防相关。

library(shiny)
master_metatable=read.csv('metadata.csv')

#begin shiny app
select_tables=runApp(list(
  ui=fluidPage(
    titlePanel("Data Repository v0.01"),
    fluidRow(
      column(3,
             checkboxGroupInput("phase_selection",
                     label = "Choose Phase",
                     choices = c("Phase I","Phase II","Phase III"),
                     selected = "Phase I")),

      column(3,
             uiOutput("ui")),

      column(3,
             actionButton("done","Done"))

    )
  ),
  server=function(input,output){
    output$ui=renderUI({
      tables=unique(master_metatable$measure[which(master_metatable$cohort==input$phase_selection)])
      checkboxGroupInput("table_selection",
                     label = "Tables",
                     tables)
    })

    output$text1=renderText({
     paste0("You have selected ",input$table_selection)
    })


    observeEvent(input$done, stopApp(list(input$phase_selection,
                                                 input$table_selection)))
  }

))
#end shiny app


#test print 1
print("test1")

testcsv=read.csv('metadata.cv')

#test print 2
print("test2")


library(tcltk)
filepath=tk_choose.dir()

...等等

因此，例如，当我运行我的 Mac 上的这个脚本时，它完成闪亮的应用程序，打印 'test1'，然后开始读取 testcsv 但停止。它不会产生错误或警告消息，甚至不会给出“+”表示我遗漏了“)”或其他内容。它只是停止，不读入 table，并且永远不会继续执行脚本的其余部分。它也没有被冻结，它就像它到达了脚本的末尾一样。请注意，这与我在脚本顶部导入的 csv 相同，因此我的语法或 csv 文件没有任何问题。但是，如果我先运行脚本的闪亮应用程序部分，然后运行脚本的其余部分，一切都会完美无缺！换句话说，如果我一次性运行整个脚本，它会捕捉到，但如果我只突出显示闪亮的应用程序并运行它，然后突出显示其他所有内容并运行它，它作品。同样，这种异常只发生在 Macs 上（我尝试了两个 Macs 都运行ning Yosemite），并且脚本在 Windows 上完美运行（两者都64 位和 32 位）。

此外，在我的 Mac 上运行整个脚本时，它会成功地运行应用程序并读取 csv，但会捕捉到一些东西否则在脚本的后面。它似乎只捕捉与环境相关的命令（即 read.csv、read.table、tk_choose.dir）。它对基本的处理命令从来没有任何问题。一旦它甚至毫无问题地完成了整个脚本，但下次我运行它时，它再次出现 read.csv。

我也不认为这个问题与我机器的处理限制有关，因为我的计算机上运行要求更高的 R 脚本没有问题。

有什么想法吗？

Answer 1

我终于在GitHub forum上找到了答案。它与 RStudio 中的查看器窗格有关。要在 Mac 上使用，我将 'options(shiny.launch.browser = TRUE)' 添加到我的脚本的开头，以便它使用我计算机的默认 Web 浏览器作为查看器窗格而不是 R 的。

R在闪亮的应用程序没有错误后停止脚本

R stops script after shiny app without error

windows

r

shiny

osx-yosemite