使用 python subprocess.Popen 调用 matlab 函数

Question

我有一个 python 代码，它在后台运行一个 matlab 函数 sussum(a,nx,ny) subprocess.Popen。我无法让它工作。因为我无法将输入参数正确传递给 matlab。这是 python 代码：

#!/usr/bin/env python
 import matlab.engine
 import scipy.io as sio
 import numpy as np
 import subprocess as sb
 nproc = 5
 input = sio.loadmat('sus_py.mat')
 totq = input['totq']
 nx,ny = input['nx'],input['ny']
 nq = totq+1
 nx,ny = matlab.int32(nx.tolist()) , matlab.int32(ny.tolist())
 iq = range(1,nq)
 gp = len(iq)/nproc
 list = [iq[j:j+nproc] for j in range(0,len(iq),nproc)]
 for g in range(0,len(list)):
     i = len(list[g])
     p = []
     for n in range(0,i):
         a = matlab.int32(list[g][n])
         fun = '-r "sussum(a,nx,ny); exit" '
         lmb = ['/usr/local/bin/matlab','-nodesktop','-nosplash','-nodisplay','-nojvm',fun]
         p.append(sb.Popen(lmb))
     for q in p:
         q.wait()

python脚本在集群网络的命令终端中执行，直到吐出错误信息：Undefined function or variable 'a'.

我确信 matlab 函数 sussum(a,nx,ny) 工作正常，因为我已经使用 Python-Matlab API 作为 matlab.engine.start_matlab().sussum 对其进行了测试(a,nx,ny) 并给出了所需的输出。在获取 python 代码运行 subprocess.Popen() 方面的任何帮助将不胜感激。

Answer 1

当您使用 subprocess.Popen(args) 创建一个 Popen 对象时，您实际上是在使用它来将 lmb 列表的内容（用空格连接）传递给 shell 被执行。在这种情况下，您的命令等效于：

/usr/local/bin/matlab -nodesktop -nosplah -nodisplay -nojvm -r "sussum(a,nx,ny); exit"

显然，如果您直接从 shell 运行它会导致错误，因为通过此命令创建的 MATLAB 实例不知道 a、nx 和 ny 是变量，在这种情况下，shell 只是将整个字符串作为参数传递给 -r 参数。如果您是运行从命令行执行此操作，则需要将这些符号替换为在传递给 MATLAB 时有意义的值。您可以通过在命令本身中手动编写变量，或者对您正在使用的 shell 使用适当的变量扩展方法来做到这一点。

如果您尝试运行通过 Python Popen 对象，您需要将变量替换为实际的 fun 字符串。如果你在 Python 中 严格地 这样做，你可以做类似

# define variables
a = 10
nx = [1, 2, 3, 4]
ny = [10, 20, 30, 40]

# build fun string from above variables
# -r "sussum(10, [1,2,3,4], [10,20,30,40]); exit;
fun = '-r "sussum({}, [{}], [{}]); exit";'.format(a, ','.join(nx), ','.join(ny))

不幸的是，由于您要从 scipy.io.loadmat 给您的 numpy.ndarray 中提取 a、nx 和 ny 值，您已经从那里提取值并将它们格式化为 sussum 函数可接受的格式。

使用 python subprocess.Popen 调用 matlab 函数

Calling a matlab function with python subprocess.Popen

python

matlab

subprocess

popen

python-2.7