将 uint32 数据从 hdf5 文件写入 java 中的数组的最简单方法是什么？

Question

我有一个 hdf5 文件，其中 table 264x264x1024 填充了 uint32 数字。我无法理解如何从 java 中获取 hdf5 文件的数据。我想将 table 中的数据写入数组。有简单的方法吗？

遗憾的是，我正在使用的系统仍然是 java6.

抱歉，如果问题不是很具体，如果您需要更多信息来帮助我，请询问。正如我所说，我还不太了解 hdf5。

谢谢

Answer 1

解决这个问题的最简单方法之一是从 Java 中的 HDF5 文件的底层细节中抽象出来。你可以这样做通过使用 HDFql（分层数据格式查询语言 - http://www.hdfql.com）。

假设您的 HDF5 文件名为 my_file.h5 并且它存储了一个名为 my_dataset 的数据集（uint32 的尺寸为 264x264x1024），您可以使用 HDFql 将其读入 Java 数组，如下所示：

// import HDFql package (make sure it can be found by the Java compiler/JVM)
import as.hdfql.*;

public class Example
{
    public static void main(String args[])
    {
        int data[][][] = new int[264][264][1024];
        int x;
        int y;
        int z;

        // select (i.e. read) a dataset name "my_dataset" from HDF5 file "my_file.h5" and store it in variable "data"
        HDFql.execute("SELECT FROM my_file.h5 my_dataset INTO MEMORY " + HDFql.variableTransientRegister(data));

        // display content of variable "data"
        for(x = 0; x < 264; x++)
        {
            for(y = 0; y < 264; y++)
            {
                for(z = 0; z < 1024; z++)
                {
                    System.out.println(data[x][y][z]);
                }
            }
        }
    }
}

此示例已成功运行使用 Java 8 和 HDFql 版本 2.1.0。此外，请记住：

Java不支持uint32等无符号数据类型（需要自行转换）；
如果没有足够的堆 space 供 Java 存储具有这些尺寸的数组，您可能运行进入 OutOfMemoryError 异常（要解决这个问题，您必须在启动 Java 时使用参数 -Xmx）。

将 uint32 数据从 hdf5 文件写入 java 中的数组的最简单方法是什么？

What is the easiest way to write uint32 data from a hdf5 file to an array in java?

java

hdf5