在 R 中读取稀疏矩阵时出错

Question

我正在尝试读取 R 中具有对称稀疏矩阵的 .mtx 文件。我正在使用 e1071 包和以下命令：

read.matrix.csr("filename.mtx")

但我收到以下错误：

Error in rja[, 2] : subscript out of bounds In addition: Warning message: In read.matrix.csr("soc-twitter-follows.mtx") : NAs introduced by coercion

我尝试了其他 .mtx 文件，但我总是遇到同样的错误。有什么想法吗？

Answer 1

您确定您的 mtx 文件真的是 csr 格式吗？

如果我尝试使用 e1071 的 read.matrix.csr.

打开 Matrix 包中的 mtx 文件，我会遇到与您相同的错误

但是，我可以使用 Matrix::readMM 打开该文件，然后使用 write.matrix.csr 保存它（来自 Matrix）。那时，我知道我有一个有效的 csr 文件，确实可以用 e1071::read.matrix.csr.

打开

library(Matrix)
library(e1071)

e1071::read.matrix.csr(system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix"))

pores <-
  Matrix::readMM(system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix"))

write.matrix.csr(x = pores, file = 'pores.csr')

from.csr <- e1071::read.matrix.csr('pores.csr')

在 R 中读取稀疏矩阵时出错

Error when reading sparse matrix in R

r

matrix

sparse-matrix