如何以矩阵市场格式打印稀疏矩阵，但使用 0-index

Question

我想使用 R's Matrix 库的 writeMM 以矩阵市场格式将稀疏矩阵写入外部文件。参见：https://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/Matrix/html/externalFormats.html

矩阵

4 0
2 4


library(Matrix)
writeMM(matrix, "./outfile.tsv")

outfile.tsv:

#rowindex #columnindex #value

1 1 4
2 1 2
2 2 4

但是，我希望输出文件中的打印索引实际上是 0 索引，这与 R 中的默认索引 1 形成对比。即我想从打印的每一行和列索引中减去 1。

如何在尽可能多地使用现有功能的同时做到这一点？

Answer 1

这是一个使用 reshape2 的解决方案：

m <- matrix(c(4,2,3,4), ncol = 2);

# Reshape
library(reshape2);
m.long <- melt(m);

# 0-based indices
m.long[, 1:2] <- m.long[, 1:2] - 1;

# Optionally sort
m.long <- m.long[order(m.long[, 1],  m.long[, 2]) ,]
print(m.long);
  Var1 Var2 value
1    0    0     4
3    0    1     3
2    1    0     2
4    1    1     4

Answer 2

Matrix 对象的 summary 函数 returns 具有列 i、j 和 x 的数据框。每个非零条目都有一行。只需从 i 和 j 列中减去 1 就可以了——另外，您还没有浪费大量内存。

更新：

这不适用于 Matrix 包中的所有稀疏矩阵，但如果您这样做，它应该会起作用 summary(as(my_mat, "dgTMatrix"))。

如何以矩阵市场格式打印稀疏矩阵，但使用 0-index

How to print sparse matrix in matrix market format, but using 0-index

r

matrix

sparse-matrix