numpy 和 ctypes:处理视图
numpy and ctypes: dealing with views
我使用 ctypes 在 C 和 Python+numpy 之间互操作。两边的代码都是我写的。通常它按预期工作,但我遇到了一个我不明白的奇怪错误。
我的问题是:这是怎么回事?
我正在使用 gcc 6.2.1 开发 Linux (Manjaro 16.10)。 python 2.7.12 和 numpy 1.11.2。
我的 C 代码的简化版本:
void imp(double *M) {/*do stuff, assumes M is a 3x3 row-major matrix*/}
我的 Python 代码的简化版本:
lib = ctypes.CDLL('path/to/lib.so')
def function(M):
assert(M.dtype == np.float64)
lib.imp(M.ctypes.data_as(ctypes.POINTER(ctypes.c_double)))
# Snippet 1: Doesn't work correctly, gives nonsense results.
print my_var.dtype # prints 'float64'
print my_var.shape # prints '(3, 3)'
function(my_var) # the assert in function doesn't fail
# Snippet 2: Works correctly, gives the expected results.
my_var = my_var.astype(np.float64) # (!!)
print my_var.dtype # The same...
print my_var.shape # ...as in...
function(my_var) # ...snippet 1
更新
正在替换
my_var = my_var.astype(np.float64)
和
my_var = my_var.copy()
同样有效。显然,问题的根源在于 my_var 是一个 numpy 的视图(我已经通过打印 my_var.base 进行了检查)。
所以我修改后的问题是:如果这些数组实际上可能是视图,那么使用 ctype 传递 numpy 数组的正确方法是什么?在调用 c 函数之前复制所有参数是不可避免的吗?
查看 numpy.ascontiguousarray
和相关的 numpy.as*
函数。如果有必要,这些将制作一个副本,以使您的数据以适合您的功能的形式出现,但如果数组都很好,那么它们将被保留。
有用的参考资料:
我使用 ctypes 在 C 和 Python+numpy 之间互操作。两边的代码都是我写的。通常它按预期工作,但我遇到了一个我不明白的奇怪错误。
我的问题是:这是怎么回事?
我正在使用 gcc 6.2.1 开发 Linux (Manjaro 16.10)。 python 2.7.12 和 numpy 1.11.2。
我的 C 代码的简化版本:
void imp(double *M) {/*do stuff, assumes M is a 3x3 row-major matrix*/}
我的 Python 代码的简化版本:
lib = ctypes.CDLL('path/to/lib.so')
def function(M):
assert(M.dtype == np.float64)
lib.imp(M.ctypes.data_as(ctypes.POINTER(ctypes.c_double)))
# Snippet 1: Doesn't work correctly, gives nonsense results.
print my_var.dtype # prints 'float64'
print my_var.shape # prints '(3, 3)'
function(my_var) # the assert in function doesn't fail
# Snippet 2: Works correctly, gives the expected results.
my_var = my_var.astype(np.float64) # (!!)
print my_var.dtype # The same...
print my_var.shape # ...as in...
function(my_var) # ...snippet 1
更新
正在替换
my_var = my_var.astype(np.float64)
和
my_var = my_var.copy()
同样有效。显然,问题的根源在于 my_var 是一个 numpy 的视图(我已经通过打印 my_var.base 进行了检查)。
所以我修改后的问题是:如果这些数组实际上可能是视图,那么使用 ctype 传递 numpy 数组的正确方法是什么?在调用 c 函数之前复制所有参数是不可避免的吗?
查看 numpy.ascontiguousarray
和相关的 numpy.as*
函数。如果有必要,这些将制作一个副本,以使您的数据以适合您的功能的形式出现,但如果数组都很好,那么它们将被保留。
有用的参考资料: