如何绘制已在 R 中按行排序的数据的中位数和四分位数范围？

Question

我的数据框是这样排列的

time run1 run2 run3 run4 run5
0    2.0  3.0  3.5  4.0  2.0
1    1.5  2.5  4.5  6.5  2.5
2    [...]
[...]

我想绘制每个时间点运行值的中位数。我试图在 ggplot 中使用 stat_summary 但我不知道如何为每个 x 定义几个 y's(运行1,运行2,运行3...) 的输入（时间步长）。而且我也不确定如何最好地重新格式化数据以避免按行使用它。

//编辑：感谢帮助

library(reshape)
plotsmelt = melt(plots, id="time")

library(ggplot2)
ggplot(plotsmelt,aes(x=time,y=value)) + 
stat_summary(fun.data=median_hilow)

这段代码完成了第一部分。现在我的图表看起来像这样： (current graph) 我可以将它重塑为 smoothed/fitted 线，仅在特定间隔内使用四分位数，如下所示： (desired format)

//Edit2：再次感谢！现在我有正确间隔的四分位数。现在我只需要一种方法来显示通过中值数据点的 fitted/smoothed 曲线，我的图表就完成了。

Edit3：案例由 user127649 解决。谢谢，在你帮助我之前，我实际上花了几个小时试图解决这个问题 google！

Answer 1

如果您想绘制中位数和 IQR，这听起来像是在尝试绘制箱线图？

首先你应该重新排列你的数据

library(reshape)
data.m <- melt(data)

然后在 ggplot 中绘制它

ggplot(data.m, aes(variable, value)
    geom_boxplot()

编辑 #1

这可能有点粗糙，但按照这些思路应该可以在所需的时间间隔内获得 IQR。我认为您需要在单独的图层中添加中位数和 IQR：

ggplot(data.m,aes(x = time, y = value)) +
     stat_summary(fun.y = "median", geom = "point") +
     stat_summary(data = data.m[data.m$time %% 10 == 0, ], colour = fun.data = median_hilow)

显然，您应该将 data.m[data.m$time %% 10 == 0, ] 更改为您需要的间隔

编辑 #2

添加拟合线：

 + geom_smooth(method = lm)

有关更多选项，请参阅 ?geom_smooth

如何绘制已在 R 中按行排序的数据的中位数和四分位数范围？

How to plot the median and interquartile range of data that is already sorted by row in R?

row

r

median