从 Rcpp 函数接收结果后会话崩溃

Question

以下代码可以正确编译和执行，但每次我运行它时，我的 R 会话在完成后不久就会出现致命错误。我正在运行ning R 版本 3.3.2 和 Rtools 3.3。

有什么我遗漏的吗？我如何追踪导致崩溃的原因？

#include<Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

NumericMatrix dupCheckRcpp(NumericMatrix x) {
    int nrow, ncol;
    int i, j, k, m, n;
    bool flag;
    NumericMatrix dupMat(300,ncol);

    n = 0;
    nrow = 0; ncol = 0;
    nrow = x.nrow();
    ncol = x.ncol();

    for (i = 0; i < nrow - 1 ; ++i) {
        for (j = i + 1; j < nrow; ++j) {
            flag = TRUE;
            for (k = 0; k < ncol; ++k) {
                if (x(i,k) != x(j,k)) {
                    flag = FALSE;
                    break;
                }
            }
            if (flag == TRUE) {
                for (m = 0; m < ncol; ++m) {
                    dupMat(n,m) = x(i,m);
                }
                n = n + 1;
            }
        }
    }
    return dupMat;
}

Answer 1

您的代码存在一些问题。我们首先查看结果矩阵的定义方式、bool 的使用，然后详细说明 未定义行为 (UB) 作为矩阵子集的结果。

定义：

NumericMatrix dupMat(300, ncol);

有两个问题：

放在ncol初始化之前
假设 x 矩阵 nrow 固定为 300。

将 dupMat 的实例化移动到 ncol 和 nrow 初始化之后。或者，移动它直到您知道重复行的数量。

nrow = x.nrow();
ncol = x.ncol();

Rcpp::NumericMatrix dupMat(nrow, ncol);

此外，bool C++ 中的值以小写形式书写。

即在设置flag变量的值时，用true代替TRUE，用false代替FALSE。

有三种种方法来访问 NumericMatrix 中的单个元素，但是，我们只关注两种其中使用 i,j 个索引。

(i,j)：以这种方式访问元素会放弃 边界检查 和随后的异常标志，如果该点不在运行ge 内则发出警告。本质上，这种访问方法导致了 UB，因为 n = n + 1 可以很容易地超出行索引。当 RStudio 或 R 运行后台任务导致崩溃发生时，UB 可能在稍后造成严重破坏。
.at(i,j)：这是首选方法，因为它提供边界检查并抛出一个漂亮的异常，例如

Error in dupCheckRcpp(a) : index out of bounds

由以下代码片段触发：

if (flag == true) {
    for (m = 0; m < ncol; ++m) {
        Rcpp::Rcout << "dupMat (" << n << ","<< m << ")" << std::endl <<
            "x (" << i << ","<< m << ")" << std::endl;
        dupMat.at(n, m) = x.at(i, m);
    }
    n = n + 1; // able to exceed nrow.
}

n = n + 1 达到上限的主要原因是由于放置在 second for 循环内，得到 re-instantiated每次。

在不知道重复检查背后的意图的情况下，除了猜测它正在检查可能存在于矩阵行中的重复之外.我要到此为止了。

从 Rcpp 函数接收结果后会话崩溃

Session crash after receiving results from Rcpp function

c++

r

rcpp