Jupyter Notebook 中的 Biopython？ Windows 7

Question

我已经在 windows 和 Anaconda 上安装了 Python 版本 3.6。我想在 Jupyter Notebook 中的代码中使用 Biopython 包。我还使用以下命令安装了 biopython：

conda install -c anaconda biopython=1.68

当我想运行我的下面的代码时，它不起作用。 fasta 只是一个包含序列的文件。

from Bio import SeqIO
handle = open("Q1.fasta")
record_iterator = SeqIO.parse(handle, "fasta")
seq1_20 = record_iterator.next()
seq2_20 = record_iterator.next()
seq3_20 = record_iterator.next()
seq1_100 = record_iterator.next()
seq2_100 = record_iterator.next()
handle.close()
print seq1_20
print seq2_20
print seq3_20
print seq1_100
print seq2_100

它应该输出那些序列，但它说：

AttributeError                            
Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-d5af48173555> in <module>()
  2 handle = open("Q1.fasta")
  3 record_iterator = SeqIO.parse(handle, "fasta")
----> 4 seq1_20 = record_iterator.next()
  5 seq2_20 = record_iterator.next()
  6 seq3_20 = record_iterator.next()
AttributeError: 'generator' object has no attribute 'next'

拜托，有人帮我摆脱困境！

Answer 1

问题是您的示例代码仅适用于 Python 2。

Python 3 取消了迭代器类上的 .next() 方法，您应该改用内置函数 next(...)（在 Python 2.6 中可用以后）。

试试 next(record_iterator)。

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