遍历光栅砖

Question

我知道这里有大量关于遍历光栅块的问题，但其中 none 提供了我正在寻找的 answer/advice。

我有一个大的（17.2GB，7901 层）netcdf 文件，我已将其作为 RasterBrick 导入到 R。

> KK10Brick
class       : RasterBrick 
dimensions  : 2160, 4320, 9331200, 7901  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution  : 0.08333333, 0.08333333  (x, y)
extent      : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
data source : D:\LandUse\KK10.nc 
names       : X8000, X7999, X7998, X7997, X7996, X7995, X7994, X7993, X7992, X7991, X7990, X7989, X7988, X7987, X7986, ... 
z-value     : 100, 8000 (min, max)
varname     : land_use

文件中的每一层代表 1 年，我需要为砖块中的每个像素创建时间移动平均值。尽管变量看起来是绝对的 (land_use)，但它实际上是一个百分比覆盖率。

我想创建一个 30 年移动平均线，10 年滑动 window。例如第一个 window 将生成图层 1:30 的平均值栅格，下一个 window 将生成另一个图层 11:40...[=19 的平均值栅格=].

我当时认为 for 循环可能是完成此操作的最佳方式，但我不确定我是否走上了正确的道路，例如

for (i in 1:7901){
subsetLayers <- code to subset relevant layers
out <- stackApply(KK10Brick, indices = subsetLayers, fun = "mean", na.rm = TRUE, filename = paste("./Output/", "meanLU_window_", i, ".tif", sep = ""))
rm(out)}

我卡住的地方是编写代码来为 subsetLayers 生成序列。任何帮助将不胜感激。

编辑。

library(raster)
exBrick <- brick(nrow = 180, ncol = 360, nl = 100)
values(exBrick) <- runif(ncell(exBrick) * nlayers(exBrick))
crs(exBrick) <- "+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0" 
exBrick

Answer 1

这应该适用于您的示例数据。我不确定它在速度和 RAM 使用方面如何扩展到您的非常大的 netcdf 数据 - 如果它适用于大数据，请告诉我。

starts = seq(1, nlayers(exBrick)-30, 10)
nout = length(starts)
out = brick(nrow = 180, ncol = 360, nl = nout)
values(out) = NA
crs(out) = "+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0" 

for (i in 1:nout) {
  start = starts[i]
  out[[i]] = mean(exBrick[[start:(start+30)]]) 
}

如果 RAM 使用是分配大砖块来存储结果的限制因素，我们可以通过将每个结果图层保存到磁盘，一次一个栅格，以牺牲一些速度为代价来节省 RAM：

for (i in starts) {
  out = mean(exBrick[[i:(i+30)]]) 
  writeRaster(out, filename=paste0("out",i,".grd"), overwrite=TRUE)
}

遍历光栅砖

Looping through a raster brick

r

raster

r-raster