去掉输出中的括号

Question

我认为这对你来说是一个简单的问题，因为我是 python3 的初学者。当打印 header 的 fasta 文件时，它包含括号。我怎样才能删除它们？？

import sys
from Bio import Entrez
from Bio import SeqIO


#define email for entrez login
db           = "nuccore"
Entrez.email = "someone@email.com"

#load accessions from arguments
if len(sys.argv[1:]) > 1:
  accs = sys.argv[1:]
else: #load accesions from stdin  
  accs = [ l.strip() for l in sys.stdin if l.strip() ]
#fetch
sys.stderr.write( "Fetching %s entries from GenBank: %s\n" % (len(accs), ", ".join(accs[:10])))
for i,acc in enumerate(accs):
  try:
    sys.stderr.write( " %9i %s          \r" % (i+1,acc))  
    handle = Entrez.efetch(db=db, rettype="fasta", id=acc)
    seq_record = SeqIO.read(handle, "fasta")

    if (len(seq_record.seq) > 0):
      header = ">" + seq_record.description + " Len:" , len(seq_record.seq)
      print(header)
      print(seq_record.seq)
  except:
    sys.stderr.write( "Error! Cannot fetch: %s        \n" % acc)


 ./acc2fasta.py 163345 303239

会return

(">M69206.1 Bovine MHC class I AW10 mRNA (haplotype AW10), 3' end Len:", 1379)
TCCTGCTGCTCTCGGGGGTCCTGGTCCTGACCGAGACCCGGGCTGGCTCCCACTCGATGAGGTATTTCAGCACCGCCGTGTCCCGGCCCGGCCTCGGGGAGCCCCGGTACCTGGAAGTCGGCTACGTGGACGACACGCAGTTCGTGCGGTTTGACAGCGACGCCCCGAATCCGAGGATGGAGCCGCGGGCGCGGTGGGTGGAGCAGGAGGGGCCGGAGTATTGGGATCGGGAGACGCAAAGGGCCAAGGGCAACGCACAATTTTTCCGAGTGAGCCTGAACAACCTGCGCGGCTACTACAACCAGAGCGAGGCCGGGTCTCACACCCTCCAGTGGATGTCCGGCTGCTACGTGGGGCCGGACGGGCGTCCTCCGCGCGGGTTCATGCAGTTCGGCTACGACGGCAGAGATTACCTCGCCCTGAACGAGGACCTGCGCTCCTGGACCGCGGTGGAGACGATGGCTCAGATCTCCAAACGCAAGATGGAGGCGGCCGGTGAAGCTGAGGTACAGAGGAACTACCTGGAGGGCCGGTGCGTGGAGTGGCTCCGCAGATACCTGGAGAACGGGAAGGACACGCTGCTGCGCGCAGACCCTCCAAAGGCACATGTGACCCGTCACCCGATCTCTGGTCGTGAGGTCACCCTGAGGTGCTGGGCCCTGGGCTTCTACCCTGAAGAGATCTCACTGACCTGGCAGCGCAATGGGGAGGACCAGACCCAGGACATGGAGCTTGTGGAGACCAGGCCTTCAGGGGACGGAAACTTCCAGAAGTGGGCGGCCCTGTTGGTGCCTTCTGGAGAGGAGCAGAAATACACATGCCAAGTGCAGCACGAGGGGCTTCAGGAGCCCCTCACCCTGAAATGGGAACCTCCTCAGCCCTCCTTCCTCACCATGGGCATCATTGTTGGCCTGGTTCTCCTCGTGGTCACTGGAGCTGTGGTGGCTGGAGTTGTGATCTGCATGAAGAAGCGCTCAGGTGAAAAACGAGGGACTTATATCCAGGCTTCAAGCAGTGACAGTGCCCAGGGCTCTGATGTGTCTCTCACGGTTCCTAAAGTGTGAGACACCTGCCTTCGGGGGACTGAGTGATGCTTCATCCCGCTATGTGACATCAGATCCCCGGAACCCCTTTTTCTGCAGCTGCATCTGAATGTGTCAGTGCCCCTATTCGCATAAGTAGGAGTTAGGGAGACTGGCCCACCCATGCCCACTGCTGCCCTTCCCCACTGCCGTCCCTCCCCACCCTGACCTGTGTTCTCTTCCCTGATCCACTGTCCTGTTCCAGCAGAGACGAGGCTGGACCATGTCTATCCCTGTCTTTGCTTTATATGCACTGAAAAATGATATCTTCTTTCCTTATTGAAAATAAAATCTGTC
Error! Cannot fetch: 303239

如何去除输出中的括号 ??

Answer 1

  header = ">" + seq_record.description + " Len:" , len(seq_record.seq)
  print(header)

这样做是在打印 tuple 的表示形式，使用逗号（预期）和括号（不需要）

最好的方法是 join 数据，因此在字符串字段之间插入逗号，但 tuple 表示被省略：

print(",".join(header))

在你的情况下它有点诡计，你必须将非字符串参数转换为字符串（tuple 表示进行了转换，但 join 没有）：

print(",".join([str(x) for x in header]))

结果：

>M69206.1 Bovine MHC class I AW10 mRNA (haplotype AW10), 3' end Len:,1379

去掉输出中的括号

Get rid of parenthesis in output

python

bioinformatics

biopython

python-3.x