RcppArmadillo + bigmemory 崩溃 Windows RStudio（但没有其他 GUI + OS.type）

Question

我正在处理 R 包，bigKRLS. bigKRLS 正在处理 Windows RGui，但在 Windows RStudio 上遇到致命错误。一些细节...

Windows RGui 工作但 Windows RStudio 遇到致命错误；使用 R 3.3.0、3.3.1、3.3.3 在四台不同的机器上确认； best practices recommended by the Coatless Professor; RStudio 1.0.136; Windows 7 and 8. Presently, bigKRLS 之后的 RTools 3.3 和 3.4 在 RStudio 上适用于 Mac OS X Yosemite 和 Ubuntu 14.04 没有问题。

bigKRLS depends on bigmemory, Rcpp, RcppArmadillo, and snow (but the problem pre-dates the recent addition of snow，出于测试目的，可以通过设置 bigKRLS(..., Ncores = 1)) 将其禁用。

devtools::install_github('rdrr1990/bigKRLS')
library(bigKRLS)
vignette("bigKRLS_basics")

set.seed(2017)
X <- matrix(runif(60), ncol=3)
y <- X %*% 3:1 + rnorm(20)
out <- bigKRLS(y, X)
summary(out)

上面的代码产生的模型估计从 R2 = 0.663 开始（我们当然在其他平台上估计了很多更复杂的模型）。

Windows RStudio 在没有警告的情况下加载 library(bigKRLS)； bigKRLS() 输出它已成功清理数据。除此之外，这意味着 y 和 X 现在是 big.matrix objects。然后第一个 "real" 步骤：bigKRLS() 调用 bGaussKernel()，这是会话在两分钟左右后中止的地方。不过bGaussKernel()好像也没什么问题。 bGaussKernel() 运行如果在一秒钟内从命令行调用就可以了。事实上，如果您初始化 bigKRLS() 需要的每个变量，您可以运行在 Windows RStudio 中运行它的所有代码。

目前，package detects when Windows RStudio is being used and safely exits the function，将用户引导至 RGui。任何关于更好的解决方法的建议将不胜感激！

Answer 1

首先，Windows上的问题与编译器无关。如果您设法正确安装了 RTools，那么使用 RGUI 一切都会顺利进行。相反，您遇到的问题似乎与 RStudio 在其应用程序中使用 Boost 不小心污染了对 BH package in the rsession process. RStudio, more so @kevinushey, recently addressed this issue by creating a custom build of Boost for RStudio that lives within rstudio_boost. The details and solution of this error can be found in more depth at https://github.com/rstudio/rstudio/pull/1061.

提供的 boost 命名空间的调用有关

长话短说，如果确实如此，只需检查 RStudio 版本是否为 >=1.1.129 即可。为此，您首先需要获得 RStudio daily version. With this in hand, we can reference the solution that @DirkEddelbuettel derived for his fabulous anytime package that was running into this issue. Specifically, to overcome this, he has added a short isRStudio() function on package load and calls the function each time before handing data off into C++.

@DirkEddelbuettel 使用的 isRStudio() function 为：

isRStudio <- if (Sys.getenv("RSTUDIO", unset="0") == "1" &&
                     exists("RStudio.Version") &&
                     ## the following is evil but keeps R CMD check off our back
                     eval(parse(text=paste("RStudio.Version()$Version",
                                           ">=", "\"1.1.129\"")))) TRUE else FALSE

注意：使用eval(parse(text=...))是为了避免运行进入包检查问题，例如...

.onLoad: no visible global function definition for ‘RStudio.Version’
Undefined global functions or variables:
    RStudio.Version

RcppArmadillo + bigmemory 崩溃 Windows RStudio（但没有其他 GUI + OS.type）

RcppArmadillo + bigmemory crashes Windows RStudio (but no other GUI + OS.type)

rcpp

rstudio

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