Cytoscape 中网络分析器的聚类系数为 0.0
Clustering Coefficient of 0.0 on Network Analyzer in Cytoscape
我使用 Network Analyzer 核心应用程序在 Cytoscape 上获取了无向网络的基本参数。所有参数都得到了令人满意的测量，如度数、每个节点的中心性度量、网络直径等。但是，每个节点的聚类系数为 0.0，网络的整体聚类系数计算为 0.0 .接下来我将我的网络与随机网络进行比较，网络系数是我想比较的一个关键指标，以证明我的网络是无标度网络。可能出了什么问题。我的网络中有 361 个节点和 695 个边。任何想法表示赞赏
已在 cytoscape-helpdesk 上回答，但为了完整起见，我在这里重复了....
嗨拉胡尔，
1) 因此，对于 361 个节点和 695 条边，网络的平均度为 2。这肯定会导致聚类系数为 0.0，因为该度量取决于节点的邻居的连接程度。寻找具有良好连接邻居的节点并查看这些节点的聚类系数。
2) 首先，了解将您的网络与单个随机网络进行比较不会产生 p 值（或者即使有，也毫无价值）。您需要生成随机网络的分布，然后将您的网络与分布进行比较，看看您是否在分布之外。查看 Tosadori 等人在 2016 年关于在 cytoscape 中使用 Network Randomizer 的讨论。
-- 滑板车
我使用 Network Analyzer 核心应用程序在 Cytoscape 上获取了无向网络的基本参数。所有参数都得到了令人满意的测量，如度数、每个节点的中心性度量、网络直径等。但是，每个节点的聚类系数为 0.0，网络的整体聚类系数计算为 0.0 .接下来我将我的网络与随机网络进行比较，网络系数是我想比较的一个关键指标，以证明我的网络是无标度网络。可能出了什么问题。我的网络中有 361 个节点和 695 个边。任何想法表示赞赏
已在 cytoscape-helpdesk 上回答，但为了完整起见，我在这里重复了....
嗨拉胡尔， 1) 因此，对于 361 个节点和 695 条边，网络的平均度为 2。这肯定会导致聚类系数为 0.0，因为该度量取决于节点的邻居的连接程度。寻找具有良好连接邻居的节点并查看这些节点的聚类系数。
2) 首先，了解将您的网络与单个随机网络进行比较不会产生 p 值（或者即使有，也毫无价值）。您需要生成随机网络的分布，然后将您的网络与分布进行比较，看看您是否在分布之外。查看 Tosadori 等人在 2016 年关于在 cytoscape 中使用 Network Randomizer 的讨论。
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