为什么 networkd3 R 中的 forceNetwork 显示所有不在边缘列表中的节点？

Question

感谢您提供的任何帮助。

我正在使用 R 中的 networkd3 包来绘制节点列表和 links（边缘列表）的 forceNetwork 图。

我有一个边缘列表/link列表：

> edgelist

      round_prob NODEAid NODEBid
33979     0.6245    6990    6588
4899      0.9797    1042    1041
37109     0.6046    7498    7531
27771     0.7144    5906   16029
3603      0.6452     783     804
28491     0.6078    6034    5862
4518      0.6245     962    9874
19613     0.6745    4121   10285
19916     0.8721    4179    4180
8249      0.6821    1737    1733
35389     0.7150    7145   16992
32010     0.6495    6728   16921
22553     0.6959    4722    4549
14996     0.6031    3273   12929
35927     0.6245    7221    9814
15349     0.6245    3337    3233
34833     0.6109    7085    6852
39044     0.6117    7936    7977
39075     0.6844    7944   10978
11691     0.6821    2572    2587

这是一个更大边列表的样本，我只选择了 link 概率 >0.6 和 <1 的那些 link。在采样之前，完整的边列表是零索引。

我还有一个节点列表，有 18000 行长。它的一个例子是这样的：

> head(nodes)

  node id gr
0 1097  0  1
1 1149  1  1
2 1150  2  1
3 3395  3  1
4 3396  4  1
5 3523  5  1

我尝试使用 forceNetwork:

绘图

forceNetwork(Links = edgelist, Nodes = nodes, Source = "NODEAid",
             Target = "NODEBid", Value = "round_prob", NodeID = "node",
             Group = "gr", opacity = 0.9)

这给出了这个图，在放大之前：

问题：我只有 20 对节点，但我的地块有数千对（我不能 return 这个数字）。

通过将鼠标悬停在未连接的点上，我已经能够确定它们是由节点列表中所有可能的节点组成的。

基本上我认为 forceNetwork 正在绘制每个可能的节点，即使是那些不在边缘列表中的节点。

为什么会发生这种情况，我该如何阻止它发生？

根据这个问题Going crazy with forceNetwork in R: no edges displayed，我确保我所有的数据都是数字格式和零索引。我仍然收到此错误。

注意：如果我运行这个问题中的 forceNetwork 示例 and from this tutorial https://christophergandrud.github.io/networkD3/ 输出是预期的。

Answer 1

我认为您应该对节点列表进行子集化，使其仅包含边缘列表中的节点。

Answer 2

我建议使用 simpleNetwork，它会根据您传递的边列表自动创建节点列表，或者使用与 simpleNetwork 类似的代码先创建您的节点列表，然后再传递forceNetwork...

edgelist <- read.table(header = T, text = "
round_prob NODEAid NODEBid
33979     0.6245    6990    6588
4899      0.9797    1042    1041
37109     0.6046    7498    7531
27771     0.7144    5906   16029
3603      0.6452     783     804
28491     0.6078    6034    5862
4518      0.6245     962    9874
19613     0.6745    4121   10285
19916     0.8721    4179    4180
8249      0.6821    1737    1733
35389     0.7150    7145   16992
32010     0.6495    6728   16921
22553     0.6959    4722    4549
14996     0.6031    3273   12929
35927     0.6245    7221    9814
15349     0.6245    3337    3233
34833     0.6109    7085    6852
39044     0.6117    7936    7977
39075     0.6844    7944   10978
11691     0.6821    2572    2587
")

library(networkD3)

simpleNetwork(edgelist, Source = 'NODEAid', Target = 'NODEBid')

sources <- edgelist$NODEAid
targets <- edgelist$NODEBid
node_names <- factor(sort(unique(c(as.character(sources), 
                                   as.character(targets)))))
nodes <- data.frame(name = node_names, group = 1, size = 8)
links <- data.frame(source = match(sources, node_names) - 1, 
                target = match(targets, node_names) - 1, 
                value = edgelist$round_prob)

forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes, Source = "source",
             Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
             Group = "group", opacity = 0.9)

为什么 networkd3 R 中的 forceNetwork 显示所有不在边缘列表中的节点？

Why does forceNetwork in networkd3 R display all nodes not in edgelist?

plot

r

graph

d3.js

networkd3