如何使用 skimage 完全填充图像的孔洞？

Question

我正在使用 skimage 填充二进制输入图像的孔（左侧）。这是我的代码

from skimage import ndimage
img_fill_holes=ndimage.binary_fill_holes(binary).astype(int)

但是，上述代码的结果并不能完全填补二值图像的空洞。这意味着输出仍然是圆圈内的孔。我怎样才能完全填满圆圈内的所有洞？

Answer 1

您可能曾尝试在 RGB 图像（3D 矩阵，binary.shape[2] == 3 进行检查）上应用 binary_fill_holes。

尝试：

img_fill_holes = ndimage.binary_fill_holes(binary[:,:,0]).astype(int)

或任何其他 "rgb2gray" 方法，您应该得到预期的输出

Answer 2

如果您有 3 维数组，只需将 structure 更改为 3 维数组。

例如：

import SimpleITK as sitk
from scipy import ndimage
brain_mask_raw = sitk.ReadImage('/PATH/TO/brain_mask.nii.gz')
brain_mask_array = sitk.GetArrayFromImage(brain_mask_raw)
brain_mask_array_filled = ndimage.binary_fill_holes(brain_mask_array, structure=np.ones((3,3,3))).astype(int)
brain_mask_filled = sitk.GetImageFromArray(brain_mask_array_filled.astype(brain_mask_array.dtype)).CopyInformation(brain_mask_raw)
sitk.WriteImage(brain_mask_filled, '/RESULT/PATH/brain_mask_filled.nii.gz')

参考：scipy doc for binary fill holes

如何使用 skimage 完全填充图像的孔洞？

How to completely fill holes to an image using the skimage?

image-processing

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