如何列出 h5py 文件中的所有数据集？

Question

我有一个存储 numpy 数组的 h5py 文件，但在尝试使用我记得的数据集名称打开它时出现 Object doesn't exist error，那么有没有办法列出该文件包含的数据集？

   with h5py.File('result.h5','r') as hf:
        #How can I list all dataset I have saved in hf?

Answer 1

你必须使用按键方法。这将为您提供数据集和组名称的 unicode 字符串列表。例如：

Datasetnames=hf.keys()

另一种基于图形用户界面的方法是使用 HDFView。 https://support.hdfgroup.org/products/java/release/download.html

Answer 2

如果你想列出键名，你需要使用keys()方法给你一个键对象，然后使用list()方法列出键：

with h5py.File('result.h5','r') as hf:
    dataset_names = list(hf.keys())

Answer 3

只是为了显示底层数据集的名称，我会简单地使用 h5dump -n <filename>

没有运行 python 脚本。

Answer 4

其他答案只是告诉你如何在根组下做一个键列表，可能会引用其他组或数据集。

如果你想要更接近 h5dump 但在 python 中的东西，你可以这样做：

import h5py

def descend_obj(obj,sep='\t'):
    """
    Iterate through groups in a HDF5 file and prints the groups and datasets names and datasets attributes
    """
    if type(obj) in [h5py._hl.group.Group,h5py._hl.files.File]:
        for key in obj.keys():
            print sep,'-',key,':',obj[key]
            descend_obj(obj[key],sep=sep+'\t')
    elif type(obj)==h5py._hl.dataset.Dataset:
        for key in obj.attrs.keys():
            print sep+'\t','-',key,':',obj.attrs[key]

def h5dump(path,group='/'):
    """
    print HDF5 file metadata

    group: you can give a specific group, defaults to the root group
    """
    with h5py.File(path,'r') as f:
         descend_obj(f[group])

Answer 5

如果您使用的是命令行，请按照其他人的建议使用 h5ls -r [file] 或 h5dump -n [file]。

在 python 内，如果您想在最顶层的组下面列出但不想编写自己的代码来降低树，请尝试 visit() 函数：

with h5py.File('result.h5','r') as hf:
    hf.visit(print)

或者对于更高级的东西（例如包含属性信息）使用 visititems：

def printall(name, obj):
    print(name, dict(obj.attrs))

with h5py.File('result.h5','r') as hf:
    hf.visititems(printall)

Answer 6

因为使用 keys() 函数只会为您提供顶级键，并且还将包含组名和数据集（正如 Seb), you should use the visit() function (as suggested by jasondet 已经指出的那样）并且只保留指向的键到数据集。

这个答案是 jasondet's and Seb 对一个简单函数的答案的合并：

def get_dataset_keys(f):
    keys = []
    f.visit(lambda key : keys.append(key) if isinstance(f[key], h5py.Dataset) else None)
    return keys

如何列出 h5py 文件中的所有数据集？

How to list all datasets in h5py file?

python

h5py