从 GitHub 安装后 R 函数不可用

Question

我正在尝试创建我的第一个 R 包，基本上遵循 this tutorial

我已经创建了包并将其添加到 Github。

现在我想从 GitHub 和运行实际安装它，这是我看到的：

> install_github("nriddiford/cnvPlotteR")

Downloading GitHub repo nriddiford/cnvPlotteR@master
from URL https://api.github.com/repos/nriddiford/cnvPlotteR/zipball/master
Installing cnvPlotteR
'/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet CMD INSTALL  \
  '/private/var/folders/fb/xk_7jg3s3sj4vc19hbjz92900000gn/T/RtmpN7J2Qt/devtools149042e0f3cd/nriddiford-cnvPlotteR-3f9164e'  \
  --library='/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library' --install-tests 

* installing *source* package ‘cnvPlotteR’ ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** preparing package for lazy loading
Warning: Installed Rcpp (0.12.12) different from Rcpp used to build dplyr (0.12.11).
Please reinstall dplyr to avoid random crashes or undefined behavior.
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
Warning: Installed Rcpp (0.12.12) different from Rcpp used to build dplyr (0.12.11).
Please reinstall dplyr to avoid random crashes or undefined behavior.
* DONE (cnvPlotteR)

我正在使用 RStudio，它通常会在键入加载的函数时自动完成。但是，我看不到任何功能，当我尝试运行一个（例如 plot.chrom()）时，我收到以下错误：

Error in plot.chrom() : could not find function "plot.chrom"

我是不是做错了什么？这与 Please reinstall dplyr to avoid random crashes or undefined behaviour 错误有关吗？如果是这样，我该如何解决？

编辑：

这是我的会话信息 - 它似乎没有正确安装：

> session_info()
Session info -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 setting  value                       
 version  R version 3.4.1 (2017-06-30)
 system   x86_64, darwin15.6.0        
 ui       RStudio (1.0.143)           
 language (EN)                        
 collate  en_GB.UTF-8                 
 tz       XXX                
 date     2017-07-20                  

Packages -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 package    * version    date       source                             
 assertthat   0.2.0      2017-04-11 CRAN (R 3.4.0)                     
 backports    1.1.0      2017-05-22 CRAN (R 3.4.0)                     
 base       * 3.4.1      2017-07-07 local                              
 commonmark   1.2        2017-03-01 cran (@1.2)                        
 compiler     3.4.1      2017-07-07 local                              
 crayon       1.3.2      2016-06-28 cran (@1.3.2)                      
 curl         2.7        2017-06-26 CRAN (R 3.4.1)                     
 datasets   * 3.4.1      2017-07-07 local                              
 desc         1.1.0      2017-01-27 cran (@1.1.0)                      
 devtools   * 1.13.2     2017-06-02 CRAN (R 3.4.0)                     
 digest       0.6.12     2017-01-27 CRAN (R 3.4.0)                     
 git2r        0.18.0     2017-01-01 CRAN (R 3.4.0)                     
 graphics   * 3.4.1      2017-07-07 local                              
 grDevices  * 3.4.1      2017-07-07 local                              
 httr         1.2.1      2016-07-03 CRAN (R 3.4.0)                     
 magrittr     1.5        2014-11-22 CRAN (R 3.4.0)                     
 memoise      1.1.0      2017-04-21 CRAN (R 3.4.0)                     
 methods    * 3.4.1      2017-07-07 local                              
 R6           2.2.2      2017-06-17 CRAN (R 3.4.0)                     
 Rcpp         0.12.12    2017-07-15 CRAN (R 3.4.1)                     
 roxygen2     6.0.1.9000 2017-07-19 Github (klutometis/roxygen@14eae41)
 rprojroot    1.2        2017-01-16 cran (@1.2)                        
 rstudioapi   0.6        2016-06-27 CRAN (R 3.4.0)                     
 stats      * 3.4.1      2017-07-07 local                              
 stringi      1.1.5      2017-04-07 CRAN (R 3.4.0)                     
 stringr      1.2.0      2017-02-18 CRAN (R 3.4.0)                     
 tools        3.4.1      2017-07-07 local                              
 utils      * 3.4.1      2017-07-07 local                              
 withr        1.0.2      2016-06-20 CRAN (R 3.4.0)                     
 xml2         1.1.1      2017-01-24 cran (@1.1.1)

Answer 1

我推荐 Hadley 的 Advanced R and R Packages 阅读更多与编程和包相关的各种 R 主题。那里有很多好的信息和答案。

编辑： 关于您的编辑和查看 github - 您尝试使用的功能尚未导出。您正确地将 @export 标签放在您的文档中，但您没有重新生成 NAMESPACE 文件 (c.f.):

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

S3method(plot,all.grid) 
S3method(plot,chrom) 
S3method(plot,region)
export(clean_theme) 
export(file.cleanR) 
import(dplyr) 
import(ggplot2) 
import(scales)
import(RColorBrewer)

EDIT2: 未导出的函数都包含 .（例如 plot.all.grid）并且 roxygen 正在期待 S3 方法，因为 .，所以您遇到了一个常见的命名约定禁忌。请参阅 OO 或命名约定。如果您需要包含 .

，@method 标签或 roxygen 中的其他标签可能有助于消除歧义

解决方案 = 重命名函数以排除 .，例如将 plot.all.grid 更改为 plotAllGrid

从 GitHub 安装后 R 函数不可用

R functions not available after install from GitHub

r

github

r-package