R - 将 survfit 应用于列表并使用相应的名称绘制

Question

我有一个命名数据框列表：

library(survival)
library(survminer)

surv.days<- runif(n = 50, min = 0, max = 500)
censor<- sample(c(0,1), 50, replace=TRUE)
survdata<- data.frame(surv.days, censor)
survlist<- list(survdata, survdata)
names(survlist)<- c("name1", "name2")
rm(survdata, censor, surv.days)

我想运行在每个数据帧上进行生存拟合，然后生成几张图（为了简单起见，我在这里只放了一张），每张图都有相应的标题。我认为 Map 是实现它的方法，所以：

titles<- names(survlist)

然后我定义要用于运行生存分析和绘图的函数：

survival.function<- function(survivaldata, datanames){
  sfit<- survfit(Surv(surv.days, censor)~1, data=survivaldata)
  ggsurvplot(sfit, conf.int=TRUE, risk.table=TRUE,
             surv.median.line = "v",
             title=datanames,
             risk.table.height=.25)
}

并尝试应用它：

Map(survival.function, survlist, titles)

但是这个想法没有奏效：
"Error in eval(fit$call$data) : object 'survivaldata' not found "
有没有办法将 objects 正确分配给生存函数？谢谢！

Answer 1

在这种情况下，错误消息似乎具有误导性，至少在我看来是这样。它似乎指向调用 survfit 中的错误，而实际上它是 ggsurvplot 中的错误，从 traceback() 的输出中可以看出。我首先尝试更改传递给 survival.function 的对象的名称。然后没有错误。但也没有情节。所以也在survival.function里面加了一个print调用。我将附上两个结果中的第一个。

survival.function<- function(data, datanames){
  sfit<- survfit(Surv(surv.days, censor)~1, data=data)
  print( ggsurvplot(sfit, conf.int=TRUE, risk.table=TRUE,
             surv.median.line = "v",
             title=datanames,
             risk.table.height=.25) )
}

我希望我能更好地解释为什么这个 hack 有效。（我只是根据错误消息和 traceback()-结果猜测原因。）我使用的事实是 "missing" 对象的 name 是 "data"。这可能是 ggsurvplot 中的一个语义错误，您会帮助包的维护者向他发送一个 link 到这个完整记录的示例。我想知道如果维护者更改代码以便不使用 $data 而是使用 [[data]].

从环境访问列表成员名称，是否会有可能的改进

R - 将 survfit 应用于列表并使用相应的名称绘制

R - apply survfit to a list and plot with corresponding names

plot

r

list

apply

survival-analysis