Python 脚本中用于生成 Bash 脚本的 KeyError

Question

我有一个名为 renaming.py 的 Python 脚本，我想用它来生成许多 Bash 脚本（超过 500 个）。 Python 脚本如下所示：

#!/usr/bin/python

#Script to make multiple Bash scripts based on a .txt file with names of files
#The .txt file contains names of files, one name per line
#The .txt file must be passed as an argument.

import os
import sys

script_tpl="""#!/bin/bash
#BSUB -J "renaming_{line}"
#BSUB -e /scratch/username/renaming_SNPs/renaming_{line}.err
#BSUB -o /scratch/username/renaming_SNPs/renaming_{line}.out
#BSUB -n 8
#BSUB -R "span[ptile=4]"
#BSUB -q normal
#BSUB -P DBCDOBZAK
#BSUB -W 168:00

cd /scratch/username/renaming_SNPs

awk '{sub(/.*/, "_" ,)} 1' {file}.gen > {file}.renamed.gen

"""

with open(sys.argv[1],'r') as f:
    for line in f:
        line = line.strip()
        if not line:
            continue
        line = line.strip(".gen")
        script = script_tpl.format(line=line)
        with open('renaming_{}.sh'.format(line), 'w') as output:
            output.write(script)

我作为参数传递给此 Python 脚本的 .txt 文件如下所示：

chr10.10.merged.no_unwanted.formatted.gen
chr10.11.merged.no_unwanted.formatted.gen
chr10.12.merged.no_unwanted.formatted.gen
chr10.13.merged.no_unwanted.formatted.gen
chr10.14.merged.no_unwanted.formatted.gen
chr10.15.merged.no_unwanted.formatted.gen
etc

当我运行 Python 脚本时，我收到以下错误消息：

Traceback (most recent call last):
  File "renaming.py", line 33, in <module>
    script = script_tpl.format(line=line)
KeyError: 'sub(/'

我不完全确定发生了什么，但这是我的想法

第 33 行有问题 - 不确定是什么问题。我以前使用过与此非常相似的脚本。在第 33 行中，我将 script_tpl 中的所有 {line} 实例替换为 .txt 文件中的条目（发生 500 次，对 .txt 文件的每一行进行一次）。
我对KeyError很困惑。我正在 Linux HPC 服务器上工作（使用 Mac 笔记本电脑）。当直接将它输入终端时（作为 Bash 命令），我已经成功地使用了这个 awk 命令。但是，当我尝试 Python 并将其作为脚本中的变量时，似乎 Python 可能会感到困惑..

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

当您调用 str.format 时，它会尝试格式化 {}s 中的所有内容。

所以这一行就是问题所在：

awk '{sub(/.*/, "_" ,)} 1' {file}.gen > {file}.renamed.gen

因为字符串格式化程序正试图在您的格式调用中找到 kwargs sub(/ 和 file，它们不存在，因为您指定的唯一键是 line=line。

如果您不想将它们用于格式化，则需要转义大括号。（格式调用应删除最终字符串中的一对。）

awk '{{sub(/.*/, "_" ,)}} 1' {{file}}.gen > {{file}}.renamed.gen

Answer 2

当您使用 .format 时，字符串中的所有 { } 都会调用字符串格式化。由于您在 awk 命令中使用了这些字符，因此必须对它们进行转义。为此，您将 {{ 和 }}:

加倍

script_tpl="""#!/bin/bash
#BSUB -J "renaming_{line}"
#BSUB -e /scratch/username/renaming_SNPs/renaming_{line}.err
#BSUB -o /scratch/username/renaming_SNPs/renaming_{line}.out
#BSUB -n 8
#BSUB -R "span[ptile=4]"
#BSUB -q normal
#BSUB -P DBCDOBZAK
#BSUB -W 168:00

cd /scratch/username/renaming_SNPs

awk '{{sub(/.*/, "_" ,)}} 1' {line}.gen > {line}.renamed.gen

"""

这是relevant docs。

Python 脚本中用于生成 Bash 脚本的 KeyError

KeyError in Python script used to generate Bash scripts

python

bash

awk

keyerror