如何将nii格式文件转换成二维图像

Question

我有一个扩展名为 .nii 的文件。我不知道如何将 .nii 文件转换为 2D format.My 问题是在将 .nii 文件转换为 2D 时，我会丢失一些关于 file.Which 格式的信息吗？ dicom 或 png 或 bmp。

nii = load_nii('im.nii');
size(nii.img);

returns

ans =

    39   305   305

并且是 uint8 格式

我可以使用挤压或调整大小吗？如何将调整大小应用于此图像；它是否会丢失信息？

Answer 1

是的，您可以像处理任何数组一样操作 image/sequence。

这是一个简单的示例，其中包含来自 NIH here 的数据。

数据集为4D，命名为"filtered_func_data.nii".

让我们加载数据集并访问结果结构的 img 字段：

S = load_nii('filtered_func_data.nii')

这里，S 是一个结构体，包含以下字段：

S = 

           hdr: [1x1 struct]
      filetype: 2
    fileprefix: 'filtered_func_data'
       machine: 'ieee-be'
           img: [4-D int16]
      original: [1x1 struct]

我们可以使用字段 img 访问图像数据（您已经知道了）：

A = S.img

如果我们检查大小，我们得到：

size(A)

ans =

    64    64    21   180

所以数据集由 64x64 图像组成，depth/number 切片为 21，帧数为 180。

此时我们可以操纵 A，因为我们喜欢重塑形状、调整大小或任何东西。

这是一个简单的代码（gif 动画），用于遍历 4D 数组中第一个时间点的每个切片：

NumSlices = size(A,3)

figure(1)
filename = 'MRI_GIF.gif';

for k = 1:NumSlices

    imshow(A(:,:,k,1),[])
    drawnow

    frame = getframe(1);
    im = frame2im(frame);
    [imind,cm] = rgb2ind(im,256);
    if k == 1;
        imwrite(imind,cm,filename,'gif', 'Loopcount',inf);
    else
        imwrite(imind,cm,filename,'gif','WriteMode','append');
    end

    pause(.1)
end

输出：

我觉得很不错。

所以在你的例子中，你得到了 [39 305 305] 的大小，你可以应用我对你的数据集所做的相同操作，它是 3D 的。

编辑你的数据是一样的：

S = load_nii('Subject01.nii');

A = S.img;

NumSlices = size(A,3);

然后，如果您想要 2D 图像，则需要 select 3D 数组中的一个切片。

比如第一个切片是这样访问的：

A(:,:,1)

以此类推。

要将图像保存为 png，请使用 imwrite。

希望对您有所帮助！

如何将nii格式文件转换成二维图像

How to convert nii format file into 2D image

matlab

image-processing