在 python 中减去分割蒙版定义的图像背景

Question

我想从 python 中的医学图像中分割出肝脏。我的方法是将图像组织到文件夹中（每个患者 ID 一个文件夹）并将每个 2D 图像与其相应的蒙版组合起来。生成的图像应该写在同一个文件夹中。

我已经生成了面具。将两个图像相加并没有得到预期的结果，不过，它应该是某种 'inverse subtraction' 但我不知道如何实现它。

我也不知道如何自动执行该过程，这样我就不必总是指定文件夹 - 我希望程序能够自动在文件夹之间切换。

例如打字 image1 = imread("/Downloads/image1"); image1_mask = imread("/Downloads/image1_mask");结果 = 图像 1 + image1_mask

要求我为每个图像组合指定路径。是否有一个好的命名策略可以使这个过程更容易？我尝试用for循环来实现它，但它不起作用。

正如我所说，加法也没有产生预期的结果（图像减法也没有）

提前致谢！玛丽亚

Answer 1

你实际上问了几个问题。

如果你只想显示这些像素，掩码对应的像素不为零，那么你需要乘法，而不是加法。例如

import numpy as np
image = np.random.randint(1,255,(5,5))
mask = np.zeros((5,5))
mask[1:,2:4]=10
newImage = image * (mask!=0)
print(image, mask, newImage,sep='\n')

自动传递目录是一个完全不同的问题，SO上有很多类似的问题。

在 python 中减去分割蒙版定义的图像背景

Subtracting image background defined by segmentation masks in python

dicom

image-segmentation

python-3.x