迭代 purrr 中的公式

Question

我有一堆公式，作为字符串，我想在 glm 中一次使用一个，最好使用 tidyverse 函数。这是我现在的位置。

library(tidyverse)
library(broom)

mtcars %>% dplyr::select(mpg:qsec) %>% colnames -> targcols
paste('vs ~ ', targcols) -> formulas
formulas

#> 'vs ~  mpg' 'vs ~  cyl' 'vs ~  disp' 'vs ~  hp' 'vs ~  drat' 'vs ~  wt' 'vs ~  qsec'

我可以运行使用这些公式中的任何一个作为一般线性模型

glm(as.formula(formulas[1]), family = 'binomial', data = mtcars) %>% glance

#>  null.deviance,  df.null,    logLik, AIC,    BIC,    deviance,   df.residual
#> 43.86011,    31,     -12.76667,  29.53334,   32.46481,   25.53334,   30

我想运行列表中每个可能的公式的 glm。我试过这样做。

data.frame(formulas = formulas) %>%
    mutate(mod = map(formulas, function(fs){
        glm(as.formula(fs), family = 'binomial', data = mtcars)
    }))

但随后我收到以下错误消息：

Error in mutate_impl(.data, dots): Evaluation error: invalid formula. Traceback:

1. data.frame(formulas = formulas) %>% mutate(mod = map(formulas,   .     function(fs) {  .         glm(as.formula(fs), family =
       "binomial", data = mtcars)  .     }))
2. withVisible(eval(quote(`_fseq`(`_lhs`)), env, env))
3. eval(quote(`_fseq`(`_lhs`)), env, env)
4. eval(quote(`_fseq`(`_lhs`)), env, env)
5. `_fseq`(`_lhs`)
6. freduce(value, `_function_list`)
7. withVisible(function_list[[k]](value))
8. function_list[[k]](value)
9. mutate(., mod = map(formulas, function(fs) {  .     glm(as.formula(fs), family = "binomial", data = mtcars)  . }))
10. mutate.data.frame(., mod = map(formulas, function(fs) {   .     glm(as.formula(fs), family = "binomial", data = mtcars)   . }))
11. as.data.frame(mutate(tbl_df(.data), ...))
12. mutate(tbl_df(.data), ...)
13. mutate.tbl_df(tbl_df(.data), ...)
14. mutate_impl(.data, dots)

有人可以告诉我我在这里缺少什么吗？感谢您的任何建议。

Answer 1

问题是您使用的是 data.frame()，默认情况下 (stringAsFactors=TRUE) 会将您的公式向量转换为因子。

将 data.frame 更改为 data_frame 对我有用。（data_frame 来自 tibble 包，也是通过 dplyr 导出的，所以它应该在 library("tidyverse") 之后可用）

您可以稍微缩短您的代码：

data_frame(formulas) %>%
    mutate(mod = map(formulas, 
                      ~  glm(as.formula(.),
                             family = 'binomial', data = mtcars)))

迭代 purrr 中的公式

iterating over formulas in purrr

r

linear-regression

purrr