For循环并申请在R中的嵌套列表上进行数学运算（从Bchron中找到校准年龄的平均值）

Question

首先，我是 R 和 Stack Overflow 的新手，所以我提前为不可避免的失礼或我在这个问题上犯的愚蠢错误道歉我能做什么来补救他们。同时，请原谅我的幼稚

我正在使用 R 程序包 Bchron 来校准放射性碳日期（即，将有误差的 14C 年龄转换为校准曲线的概率分布，尤其是产生点估计（例如，平均值) 对于那个概率分布)。 我的目标是获得同时校准多个日期所产生的加权平均年龄向量。在这种情况下，加权平均值是校准年龄网格与概率的乘积之和密度。

假设我们只校准三个日期，如下所示：

library(Bchron)

ages1 <- BchronCalibrate(ages=c(3445,11553,7456), 
                    ageSds=c(50,230,110),
                    calCurves=c('intcal13','intcal13','shcal13'),
                    ids=c('sample1','sample2','sample3'))

Bchron 输出校准（即来自 BchronCalibrate()）作为向量列表。一次获得平均值很容易：

print (sum(ages1$'sample1'$ageGrid * ages1$'sample1'$densities))

但是当我们校准多个日期时，我们会得到一个日期列表（由 "ids" 以上），每个都包含该日期的校准列表。鉴于嵌套列表，我很难弄清楚如何从我的列表中获取向量中的多个均值。窥探 Stack Exchange，我发现了很多迭代列表的示例，甚至是嵌套应用函数的示例，但不幸的是，鉴于我相对缺乏经验，我似乎无法使它们适应我的问题。以下是我到目前为止所得到的。

鉴于 ageGrid 和 densities 向量始终是父列表中每个日期的第 4 和第 5 个列表项，我认为它应该很简单......类似于

 for(sample.age in ages1) {
 sapply(ages1[[sample.age]],sum([4]*[5]))
 }

考虑到我在各种尝试中遇到的所有错误，很明显我的语法或者（更有可能）我对此的整个思路是混乱的。

即使我可以让基本的 for 循环工作，我如何要求它 return 一个向量？

感谢任何有关此主题的帮助，特别感谢那些简单到足以让像我这样的新手理解的答案。

干杯，马特

Answer 1

R sapply 和 lapply 函数是伪装的循环。（如果我理解这个问题，你只需要一个循环。）我正在避免你使用数字索引的努力，而是建议你坚持使用字符索引，因为它们不太容易被误解。

sapply(ages1, function(x) sum(x[['ageGrid']]*x[['densities']]))

#  sample1   sample2   sample3 
# 3713.214 13372.815  8217.632

sapply 函数一次将那些带有不同标记的 sample 项传递给提取和相乘它们的函数。完成乘法后，它会返回计算它们的列表的名称。在 R 练习的开始阶段，查看您正在处理的对象的结构通常很有用：

str(ages1)
List of 3
 $ sample1:List of 5
  ..$ ages     : num 3445
  ..$ ageSds   : num 50
  ..$ calCurves: chr "intcal13"
  ..$ ageGrid  : num [1:473] 3470 3471 3472 3473 3474 ...
  ..$ densities: num [1:473] 1.01e-05 1.01e-05 1.01e-05 1.01e-05 1.01e-05 ...
 $ sample2:List of 5
  ..$ ages     : num 11553
  ..$ ageSds   : num 230
  ..$ calCurves: chr "intcal13"
  ..$ ageGrid  : num [1:1489] 12711 12712 12713 12714 12715 ...
  ..$ densities: num [1:1489] 1.05e-05 1.11e-05 1.17e-05 1.23e-05 1.30e-05 ...
 $ sample3:List of 5
  ..$ ages     : num 7456
  ..$ ageSds   : num 110
  ..$ calCurves: chr "shcal13"
  ..$ ageGrid  : num [1:714] 7860 7861 7862 7863 7864 ...
  ..$ densities: num [1:714] 1.00e-05 1.04e-05 1.08e-05 1.13e-05 1.17e-05 ...
 - attr(*, "class")= chr "BchronCalibratedDates"

For循环并申请在R中的嵌套列表上进行数学运算（从Bchron中找到校准年龄的平均值）

For loop and apply to do math on a nested list in R (finding mean of calibrated ages from Bchron)

iteration

r

list

calibration