如何在 python 中将文本文件打开为字符矩阵？

Question

我有一个 .fa 文件，其中包含核苷酸序列列表。是这样的

AGCTAGAGAGACTAGACTAGA

GATCAGTACATGATCTAGGAT

GATAGTACATGGGGGATAGAC

我需要以某种方式打开 python 中的文件并制作一个 2-dim 数组，其中包含 .fa 文件的行和每列中的文件字母。感谢您的帮助！！！！

Answer 1

如果您有兴趣让矩阵成为列表的列表，您可以通过列表理解轻松地做到这一点。

with open("myfile.fa","rt") as infile:
    matrix = [list(line.strip()) for line in infile.readlines()]
    print matrix

另一方面，如果您希望有一个 numpy 矩阵（请注意，这需要您安装 numpy）：

import numpy

with open("myfile.fa","rt") as infile:
    matrix =  numpy.matrix([list(line.strip()) for line in infile.readlines()])
    print matrix

How to open a text file as a character matrix in python?