如何使用基石解析 JavaScript 中的 DICOM？

Question

我正在尝试解析 javascript 中的 dicom 文件。我用axios下载了dicom，我得到的数据是一个字符串，看起来像这样：

"\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000\u0000DICM\u0002\u0000\u0000\u0000UL\u0004\u0000�\u0000\u0000\u0000\u0002\u0000\u0001\u0000OB\u0000\u0000\u0002\u0000\u0000\u0000\u0000\u0001\u0002\u0000\u0002\u0000UI\u001a\u00001.2.840.10008.5.1.4.1.1.1\u0000\u0002\u0000\u0003\u0000UI0\u00001.3.12.2.1104.5.3.33.1388.11.201703201514180234\u0000\u0002\u0000\u0010\u0000UI\u0014\u00001.2.840.10008.1.2.1\u0000\u0002\u0000\u0012\u0000UI\u0014\u00001.3.12.2.1107.5.3.4\u0000\u0002\u0000\u0013\u0000SH\u000e\u0000Siemens_FLC_60\u0008\u0000\u0005\u0000CS\n\u0000ISO_IR 100\u0008\u0000\u0008\u0000CS\u0016\u0000ORIGINAL\PRIMARY\\RAD \u0008\u0000\u0016\u0000UI\u001a\u00001.2.840.11008.5.1.4.1.1.1\u0000\u0008\u0000\u0018\u0000UI0\u00001.3.12.2.1417.5.3.33.1398.11.201703201514180234\u0000\u0008\u0000 \u0000DA\u0008\u000020170320\u0008\u0000!\u0000DA\u0008\u000020170320\u0008\u0000\"\u0000DA\u0008\u000020170320\u0008\u0000#\u0000DA\u0008\u000020170320\u0008\u00000\u0000TM\u0006\u0000151324\u0008\u00001\u0000TM\u000c\u0000151418.0234 \u0008\u00002\u0000TM\u000c\u0000151418.0234 \u0008\u00003\u0000TM\u000c\u0000151418.0234 \u0008\u0000P\u0000SH\u0000\u0000\u0008\u0000`\u0000CS\u0002\u0000CR\u0008\u0000p\u0000LO\u0008\u0000SIEMENS \u0008\u0000�\u0000LO\u0018\u0000CH Foo Bar - PARIS\u0008\u0000�\u0000PN\u0000\u0000\u0008\u0000\u0010\u0010SH\u0010\u0000AX10094200-1398 \u0008\u00000\u0010LO\n\u0000LDQK001 RC\u0008\u00002\u0010SQ\u0000\u00000\u0000\u0000\u0000��\u0000�(\u0000\u0000\u0000\u0008\u0000\u0000\u0001SH\u0002\u0000RC\u0008\u0000\u0002\u0001SH\u0004\u0000QDOC\u0008\u0000\u0004\u0001LO\n\u0000LDQK001 RC\u0008\u0000>\u0010LO\u001a\u0000RAD_Rachis Cerv. F 3/4 AP \u0008\u0000@\u0010LO\u0002\u000077\u0008\u0000�\u0010LO\u0000\u0000\u0008\u0000�\u0010LO\u0016\u0000Fluorospot Compact FD \u0008\u0000\u0010\u0011SQ\u0000\u0000V\u0000\u0000\u0000��\u0000�N\u0000\u0000\u0000\u0008\u0000P\u0011UI\u0018\u00001.2.840.10008.3.1.2.3.1\u0000\u0008\u0000U\u0011UI&\u00001.3.51.0.1.1.10.2.1.94.2417819.2393805\u0008\u0000\u0011\u0011SQ\u0000\u0000Z\u0000\u0000\u0000��\u0000�R\u0000\u0000\u0000\u0008\u0000P\u0011UI\u0018\u00001.2.840.10008.…"

我需要在 js 脚本中将其解码为 json 格式（或者像 dcmdump 这样的可读格式）。

我试过像这样使用 cornerstone dicom 解析器 (https://github.com/cornerstonejs/dicomParser):

import * as dicomParser from 'dicom-parser';

let enc = new TextEncoder("utf-8")
let arr8 = enc.encode(dicom_data).map(Number)
console.log(dicomParser.parseDicom(arr8))

但我收到以下错误：

"uncaught exception: dicomParser.parseDicom: missing required meta header attribute 0002,0010".

有人知道一个简单的方法吗？

Answer 1

我不熟悉JavaScript。但是，属性（0002,0010 = 传输语法 UID）是存在于 header 中。

但是我觉得你处理数据的方式不对。

数据不是 DICOM 格式。相反，它似乎被编码为一个字符串，其中 non-printable 个字符已被转换为 \u。这样，header 中的一个字节已扩展为 two-byte 十六进制数。您应该尝试以其原始二进制表示形式获取文件
转码为 UTF-8 对我来说似乎不合适。某些 DICOM 属性包含二进制表示形式的值。加上属性 "addresses" (group, element) 及其长度以二进制格式编码。转码为 UTF-8 会破坏它。

所以我认为一旦您将原始二进制 DICOM 文件传递给 dicomParser 并且在解析之前不应用任何修改，它应该可以工作。

Answer 2

好吧，我从未使用过您提到的工具包。我做了一个简单的 google 搜索并找到 github 和文档。

文档还提供了 sample 到 dicom 转储。您可以在浏览器中查看此页面的源代码，它将为您提供打印转储的完整代码。

以下是片段：

var reader = new FileReader();
reader.onload = function(file) {
    var arrayBuffer = reader.result;
    // Here we have the file data as an ArrayBuffer.  dicomParser requires as input a
    // Uint8Array so we create that here
    var byteArray = new Uint8Array(arrayBuffer);
    var kb = byteArray.length / 1024;
    var mb = kb / 1024;
    var byteStr = mb > 1 ? mb.toFixed(3) + " MB" : kb.toFixed(0) + " KB";

如何使用基石解析 JavaScript 中的 DICOM？

How to parse a DICOM in JavaScript using cornerstone?

javascript

dicom

cornerstonejs