rowSums(Qf) 错误：'x' 必须是至少两个维度的数组 (msm::msm2surv)

Question

我正在使用 msm 包中的函数 msm2surv 并尝试将纵向数据转换为 flexsurve 包喜欢的格式。以下是我的样本 tmp.

tmp <- structure(list(id = c(89, 90, 90, 91, 91, 91, 92, 92, 93, 93, 
94, 94, 94, 95, 95, 96), days = c(9157, 0, 9156, 0, 8394, 9156, 
0, 9156, 0, 8079, 0, 8933, 9003, 0, 8430, 0), event = c(1, 1, 
1, 1, 2, 2, 1, 1, 1, 5, 1, 3, 6, 1, 4, 1)), row.names = c(NA, 
-16L), class = c("grouped_df", "tbl_df", "tbl", "data.frame"), vars = "id", drop = TRUE, indices = list(
    0L, 1:2, 3:5, 6:7, 8:9, 10:12, 13:14, 15L), group_sizes = c(1L, 
2L, 3L, 2L, 2L, 3L, 2L, 1L), biggest_group_size = 3L, labels = structure(list(
    id = c(89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96)), row.names = c(NA, 
-8L), class = "data.frame", vars = "id", drop = TRUE, .Names = "id"), .Names = c("id", 
"days", "event"))

运行代码：

library(msm)
Q <- matrix(c( 
  0,1,1,1,1,0, 
  0,0,1,1,1,1, 
  0,0,0,1,1,1, 
  0,0,0,0,1,1, 
  0,0,0,0,0,0, 
  0,0,0,0,0,0
), nrow=6, ncol=6, 
byrow=TRUE, 
dimnames=list(from=1:6,to=1:6)) 

dat <- msm2Surv(data=tmp, subject="id", time="days", state="event", Q=Q)

它给了我错误：rowSums(Qf) 中的错误：'x' 必须是至少两个维度的数组。

我检查了数据框的维度，我觉得没问题。但错误就在那里。大家知道如何解决problem/error吗？

非常感谢！

Answer 1

我们可以将 tbl_df 转换为 data.frame，它应该可以工作

out <- msm2Surv(data=as.data.frame(tmp), subject="id",
               time="days", state="event", Q=Q)
dim(out)
#[1] 31  8

"tmp" 数据集是一个分组的 tbl_df 并且有很多属性。通过转换为 data.frame，我们删除了这些属性。

rowSums(Qf) 错误：'x' 必须是至少两个维度的数组 (msm::msm2surv)

Error in rowSums(Qf) : 'x' must be an array of at least two dimensions (msm::msm2surv)

r

syntax-error

survival-analysis