emmeans 无法在 R 中处理 class “bigglm” 的对象

Question

我在 R 中使用 "bigglm" 函数，我还想使用 "emmeans" 函数进行 post-hoc 分析和绘图。但是函数 emmeans 无法处理 class “bigglm” 的对象。

有一种方法可以从class"bigglm"?[=12=构造class"glm"的对象]

这是一个例子

library(biglm)
library(emmeans)
data(trees)
trees$f <- factor(rep(c("A","B"),length.out = nrow(trees)))
ff <-log(Volume)~f

a <- glm(ff,data=trees)
summary(a)
emmeans(a,~f)

b <- bigglm(ff,data=trees, chunksize=10)
summary(b)
emmeans(b,~f)

提前谢谢你。

Answer 1

事实证明，"biglm" 和 "bigglm" 对象与 "lm" 和 "glm" 对象非常相似，只是它们的结构发生了微小的变化。所以看起来我们所要做的就是欺骗 emmeans 认为它是其中之一。这是用于此目的的实用程序：

as.glm = function(mod) {
    mod$coefficients = coef(mod)
    mod$df.residual = mod$df.resid
    class(mod) = c(class(mod), "glm", "lm")
    mod
}

现在我们得到：

> emmeans(as.glm(b), "f")
 f   emmean        SE  df asymp.LCL asymp.UCL
 A 3.288124 0.1337527 Inf  3.025974  3.550275
 B 3.256313 0.1381392 Inf  2.985565  3.527061

Confidence level used: 0.95

emmeans 无法在 R 中处理 class “bigglm” 的对象

emmeans Can't handle an object of class “bigglm” in R

r

class

bigdata

glm

emmeans