给定图像的细胞计数

Question

我无法从下图中弄清楚如何计算大单元格的数量。

Answer 1

由于感兴趣的细胞看起来很圆，您可以在 Lab 颜色 space 中使用 imfindcircles，这比 RGB space 更适合在这里工作，因为 ~细胞 H&E 染色的紫色。

所以基本上转换颜色space，然后在大细胞最亮的第3通道应用阈值，然后应用imfindcircles。请注意，这里 Edge 属性必须非常低，以便区分彼此靠近的单元格（如图像的左下方）。而且，我的Matlab版本不支持rgb2lab so I used makecform颜色之间的转换spaces。

这是 Lab 颜色space 中图像的 3 个通道的样子：

如你所见，看起来最亮的大细胞核大细胞在第三通道中非常突出。因此，我们将仅对其余通道设置阈值。

为了获得检测到的细胞的数量，只需询问函数 imfindcircles (numel(radii)).

给出的 radii 的数量

clear
clc

close all

Im = imread('Cells.jpg');

%// Transform to Lab color space
cform = makecform('srgb2lab');
Im_lab = applycform(Im,cform);

%// Apply threshold
Im_lab = im2bw(Im_lab(:,:,3),.35);

%// Detect ~circles
[centers, radii] = imfindcircles(Im_lab,[12 35],'Sensitivity',0.7,'Edge',0.1,'ObjectPolarity','dark');

imshow(Im);
hold on
viscircles(centers, radii,'EdgeColor','k','LineWidth',4);

NumCircles = numel(radii);

%// Display message box
Msg = sprintf('You have just found %i circles!!!\n',NumCircles);

msgbox(Msg)

输出：

给定图像的细胞计数

Cell Count from given image

matlab

image-processing