我如何 运行 MetaVelvet？ 'Getting Started' 指令未按预期工作

Question

我正在尝试通过 运行在我的输出上使用 MetaVelvet 来改进宏基因组组装。 'Getting Started' instructions for the MetaVelvet extension 不会生成 MetaVelvet 扩展所需的 Graph2 文件。

如何生成 Graph2 文件以便我可以 运行 MetaVelvet？

Answer 1

'Getting Started' 指令在 velvetg 命令中缺少一个标志。如果需要生成Graph2文件，则需要该标志。

以下是这些说明的更正版本：

~$ velvetg out-dir -read_trkg yes -exp_cov auto -ins_length 260

提示： 如果您有 运行 带有多个 k-mers 的 velveth，因此有多个输出文件夹，您可以使用 find 命令 assemble 每个文件夹，而无需每次都使用 运行 命令。

假设多个 k-mer velveth 输出文件夹以 'pooled_reads':

开头

find . -name 'pooled_reads_*' -exec velvetg {} -read_trkg yes -exp_cov auto -ins_length 200 \;

您也可以使用 xargs 或 while 循环来执行此操作，但我喜欢 find 命令。