Bokeh RuntimeError，如何为绘图添加工具提示？

Question

我正在尝试将工具提示添加到我之前制作的绘图中：

x 轴是标记位置，y 轴包含基因位置。工具提示目前为空

但是当我尝试添加它们时，出现了运行时错误。

对于绘图，我使用了一个包含标记和基因坐标（分别为 xmar 和 xgen）和 LOD 值的 df。这三列取自三个单独的列表（xmar、ygen 和 value）：

DFvalue = pd.DataFrame({'xmar':xmar, 'ygen':ygen, 'value':value})

   xmar  ygen     value
0     0   402  5.075381
1     0   708  4.619449
2     1   489  3.817142
3     1   652  4.396806
4     2   500  3.662211

并有另一个 df 用名称而不是坐标（到 link 到工具提示？）。这个 df 同样由三个列表组成（marname、genname 和 value）：

DFname = pd.DataFrame({'xname':marname, 'yname':genname, 'value':value})

      xname      yname     value
0  c1_00593  AT1G05430  5.075381
1  c1_00593  AT1G05900  4.619449
2  c1_00600  AT1G07790  3.817142
3  c1_00600  AT1G08230  4.396806
4  c1_00789  AT1G08920  3.662211

我的绘图代码如下，我猜 ColumnDataSource() 出了点问题，但我不明白为什么或如何？

TOOLS= "hover,pan,wheel_zoom,zoom_in,zoom_out,box_zoom,undo,redo,reset,save"
SOURCE = ColumnDataSource(DFvalue)
TOOLTIPS = [
    ('gene', '@genname'),
    ('marker', '@marname'),
    ('LOD score', '@value')
]

 #Create figure
 p = figure(tools=TOOLS, tooltips=TOOLTIPS)
 p.xaxis.axis_label = 'Position genes'
 p.yaxis.axis_label = 'Position markers'


 p.circle(x=xmar, y=ygen, source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)

在运行之后我收到以下错误：

p.circle(x=xmar, y=ygen, source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)
File "fakesource", line 5, in circle
File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\bokeh\plotting\helpers.py", line 757, in func
raise RuntimeError(_GLYPH_SOURCE_MSG % nice_join(incompatible_literal_spec_values, 
conjuction="and"))
RuntimeError: 

Expected x and y to reference fields in the supplied data source.

When a 'source' argument is passed to a glyph method, values that are sequences
(like lists or arrays) must come from references to data columns in the source.

For instance, as an example:

source = ColumnDataSource(data=dict(x=a_list, y=an_array))

p.circle(x='x', y='y', source=source, ...) # pass column names and a source

Alternatively, *all* data sequences may be provided as literals as long as a
source is *not* provided:

p.circle(x=a_list, y=an_array, ...)  # pass actual sequences and no source

Answer 1

错误消息包含有关使用错误的所有信息，以及有关如何解决问题的信息：

Expected x and y to reference fields in the supplied data source.

When a 'source' argument is passed to a glyph method, values that are sequences (like lists or arrays) must come from references to data columns in the source.

For instance, as an example:

source = ColumnDataSource(data=dict(x=a_list, y=an_array))

p.circle(x='x', y='y', source=source, ...) # pass column names and a source

Alternatively, all data sequences may be provided as literals as long as a source is not provided:

p.circle(x=a_list, y=an_array, ...) # pass actual sequences and no source

您将 source 传递给了字形方法，但是您还传递了 x=xmar 和 y=ygen 的真实列表。

p.circle(x=xmar, y=ygen, source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)

如错误所述，这是不允许的。如果将 source 传递给字形，则字形 h 的 一切都必须来自源 。你不能混搭。因此，您必须将 xmar 和 ygen 作为您的 ColumnDataSource 中的列，然后配置 x 和 y 以使用这些列：

p.circle(x='xmar', y='ygen', source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)

您可以将这些列 "by hand" 添加到 source.data 字典中，或者您可以在调用 ColumnDataSource(DFvalue)

之前将这些列添加到数据框中

Answer 2

您的 ColumnDataSource 是从 DFvalue 构建的，但您正试图从 DFname 获取工具提示数据。我认为如果您在 ColumnDataSource:

中包含其他数据

SOURCE = ColumnDataSource(data=dict(
    xmar=DFvalue['xmar'],
    ymar=DFvalue['ygen'],
    value=DFvalue['value']
    marname=DFname['xname']
    genname=DFname['yname']))

您可以在 TOOLTIP 中指向您想要的数据。

Bokeh RuntimeError，如何为绘图添加工具提示？

Bokeh RuntimeError, how to add tooltips to plot?

python

plot

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